Pada [[14 Januari]] [[2013]], Liverpool mengumumkan bahwa mereka telah setuju dengan semua pihakuntuk mengakhiri perjanjianmasa pinjaman dengan Real Madrid danpeminjaman Şahin, dan bahwa sekarang ini akan memungkinkan Şahin untuk bergabung dengan [[Borussia Dortmund]] dengan status pinjaman hingga akhir musim 2013-14.<ref>{{cite news|url=http://www.liverpoolfc.com/news/latest-news/liverpool-confirm-sahin-departure|title=Liverpool confirm Sahin departure|date=11 January 2013|accessdate=11 January 2013|publisher=Liverpool FC Official Website}}</ref> Şahin berbicaramenyatakan tentang kesepakatan mengatakan,bahwa "Sayasaya menyadari bahwa sebagai pesepakbola dan manusia, saya berada di sini 100 persen." Şahin juga mengatakan "Sayasaya melihat dengan cepat bahwa saya hanya ingin bermain untuk Dortmund."<ref>{{cite web|url=http://www.goal.com/en/news/11/transfer-zone/2013/01/11/3665029/dortmund-re-sign-sahin-on-18-month-loan|title=Dortmund re-sign Sahin on 18-month loan}}</ref> Kedatangannya disambut senangbaik oleh manajer [[Jürgen Klopp]].<ref>{{cite news|title=Klopp delighted with Sahin arrival|url=http://www.goal.com/en-gb/news/3275/bundesliga/2013/01/12/3668367/klopp-delighted-with-sahin-arrival|publisher=Goal.com|date=12 January 2013|accessdate=9 February 2013}}</ref> Sebelum debutnya dalam pertandingan persahabatan melawan Mainz, di mana Dortmund menang lewat adu penalti, Şahin mengatakan ia cukup gugup untuk kembali.<ref>{{cite news|title=Sahin: I was very nervous ahead of Dortmund comeback|url=http://www.goal.com/en-gb/news/3275/bundesliga/2013/01/14/3671051/sahin-i-was-very-nervous-ahead-of-dortmund-comeback|publisher=Goal.com|date=14 January 2013|accessdate=9 February 2013}}</ref> Delapan hari kemudian, ia membuat penampilan liga pertamanya, sejak meninggalkan Dortmund, yang datangmasuk sebagai pengganti di beberaa menit kemudianakhir, saat Dortmund mengalahkan [[SV Werder Bremen|Werder Bremen]] 5-0. Pada tanggal [[16 Maret]] [[2013]] Şahin mencetak dua gol dalam kemenangan Dortmund 5-1 atas [[SC Freiburg]].<ref>{{cite web | url = http://espnfc.com/us/en/gamecast/346176/gamecast.html?soccernet=true&cc=5901 | title = Borussia Dortmund 5 - 1 SC Freiburg | publisher = ESPN FC | date = 16 March 2013 | accessdate = 16 March 2013}}</ref>
