Dari pertengahan April 1958 sampai 1960, semua sekolah SMP dan SMA tutup. [[Universitas Andalas]] yang baru berjalan dua tahun terpaksa ditutup karena hampir semua dosen dan mahasiswanya ikut PRRI. Menjelang akhir tahun 1960, seluruh wilayah Sumatra Barat berhasil dikuasai tentara APRI.<ref name=":2" />
Abdul Haris Nasution mencatat, operasi militer PRRI menwaskanmemakan korban sebanyak 7.146 orang tewas di kedua pihak. Sebagian besar yang tewas berasal, yakni 6.115 berasal "dari pihak PRRI". [[Saafroedin Bahar]] mencatat, jumlah korban akibat konflik PRRI yang singkat jauh lebih besar daripada korban perang dengan Belanda pada zaman [[Revolusi Nasional Indonesia|revolusi kemerdekaan]].<ref name=":6" />▼
Pada 1961, pemerintah memberi amnesti kepada elemen sipil dan militer yang pernah terlibat PRRI dan kembali ke "pangkuan ibu pertiwi". Amnesti itu dituangkan melalui Keputusan Presiden No. 322 Tahun 1961 tanggal 22 Juni 1961. Meski seruan pemerintah direspon pimpinan PRRI, pada kenyataannya janji amnesti hanya sebatas retorika. Selama beberapa tahun, pimpinan sipil dan militer PRRI dikarantina. Masyarakat, terutama mahasiswa dan pelajar, mengalami tekanan hidup yang berat.<ref name=":0">{{Cite book|last=Syamdani|date=2009|url=https://books.google.com/books?id=R9u37gzZMlUC&newbks=0&printsec=frontcover&pg=PA7&dq=%22Republik+Persatuan+Indonesia%22&hl=id|title=PRRI, pemberontakan atau bukan?|publisher=Media Pressindo|isbn=978-979-788-032-3|language=id}}</ref>
Selain operasi militer, pemerintah pusat melalui Jenderal [[Abdul Haris Nasution]] juga melakukan pendekatan secara diplomatis yaknidengan membujuk tentara PRRI untuk menyerah dan kembali setia pada NKRI. Peristiwa ini disebut Operasi Pemanggilan Kembali.<ref>{{Cite book|last=Kahin|first=Audrey R.|date=2005|url=https://books.google.co.id/books?id=v0y4-dp9uEEC&pg=PA353&dq=Operasi+Pemanggilan+Kembali&hl=en&sa=X&ved=2ahUKEwionLGWy6_tAhU66XMBHUE1CMUQ6AEwA3oECAAQAg#v=onepage&q=Operasi%20Pemanggilan%20Kembali&f=false|title=Dari pemberontakan ke integrasi Sumatra Barat dan politik Indonesia, 1926-1998|publisher=Yayasan Obor Indonesia|isbn=978-979-461-519-5|language=id}}</ref> Pada 29 Mei 1961, Ahmad Husein secara resmi menyerah bersama sekitar 24.500 pengikutnya.<ref>{{Cite book|last=[[Mestika Zed]]|first=|date=1995|url=https://books.google.co.id/books?id=qNZwAAAAMAAJ&q=%22Ahmad+Husein%22+%2229+Mei+1961%22&dq=%22Ahmad+Husein%22+%2229+Mei+1961%22&hl=en&sa=X&ved=2ahUKEwiv7L7mxb_rAhXMAnIKHVzPDwEQ6AEwBHoECAQQAg|title=Sumatera Barat di panggung sejarah, 1945-1995|location=|publisher=Bidang Penerbitan Khusus, Panitia Peringatan 50 Tahun RI, Sumatera Barat|isbn=|pages=147|language=id|url-status=live}}</ref> Selanjutnya, pemerintah memberi amnesti kepada elemen sipil dan militer yang pernah terlibat PRRI. Amnesti itu dituangkan melalui Keputusan Presiden No. 322 Tahun 1961 tanggal 22 Juni 1961. Meski seruan pemerintah direspon pimpinan PRRI, pada kenyataannya janji amnesti hanya sebatas retorika. Selama beberapa tahun, pimpinan sipil dan militer PRRI dikarantina. Masyarakat, terutama mahasiswa dan pelajar, mengalami tekanan hidup yang berat.<ref name=":0">{{Cite book|last=Syamdani|date=2009|url=https://books.google.com/books?id=R9u37gzZMlUC&newbks=0&printsec=frontcover&pg=PA7&dq=%22Republik+Persatuan+Indonesia%22&hl=id|title=PRRI, pemberontakan atau bukan?|publisher=Media Pressindo|isbn=978-979-788-032-3|language=id}}</ref>
▲Nasution mencatat, operasi militer PRRI menwaskan 7.146 orang tewas. Sebagian besar yang tewas berasal, yakni 6.115 berasal "dari pihak PRRI". [[Saafroedin Bahar]] mencatat, jumlah korban akibat konflik PRRI yang singkat jauh lebih besar daripada korban perang dengan Belanda pada zaman [[Revolusi Nasional Indonesia|revolusi kemerdekaan]].<ref name=":6" />
