Pada awal berdirinya, SMP Negeri 3 Jember merupakan sekolah filial dari SMP Negeri 2 Jember. Akan tetapi, semenjak 5 Juli 1977, SMP Negeri 3 Jember resmi menjadi sekolah menengah pertama negeri berdasarkan SK. Mendikbud No. 0253/O/1977.
Sekolah ini pernah menjadi Sekolah [[Rintisan Sekolah Bertaraf Internasional]] (RSBI) atau Sekolah Standar Internasional (SSI) di [[Kabupaten Jember]] yang mana sekolah ini menggunakan dua bahasa (Bahasa Inggris dan Bahasa Indonesia) dalam kegiatan belajar mengajar. Namun, sejak 2013 status Sekolah [[Rintisan Sekolah Bertaraf Internasional|RSBI]] pada Sekolah ini dihapuskan, karena sesuai dengan keputusan Mahkamah Konstitusi yang menghentikan seluruh Sekolah [[Rintisan Sekolah Bertaraf Internasional|RSBI]] dianggap tidak sesuai dengan amanah UUD 1945 yang mensyaratkan pendidikan untuk semua. Hingga saat ini, SMPN 3 Jember menjadi Sekolah favorit di [[Kabupaten Jember]] dimana banyak anak-anak yang ingin Sekolah disini.
Rerata nilai [[Ujian Nasional|UN]] SMPN 3 Jember pada tahun 2019 yakni 82,26 dengan Akreditasi A, tertinggi kedua di [[Kabupaten Jember]] setelah [[SMP Negeri 2 Jember]].
SMPN 3 Jember melakukan kegiatan belajar mengajar selama 6 hari (Senin-Sabtu). Untuk hari Senin-Kamis, masuk pukul 06:45 dan pulang pukul 13:35. Untuk hari Jum'at, masuk pukul 06:45 dan pulang pukul 10:35. Untuk hari Sabtu, masuk pukul 06:45 dan pulang pukul 11:05.
