Kampus Semanggi terletak di daerah pusat bisnis DKI Jakarta yaitu Semanggi, [[Jakarta Selatan]].<ref>Peta Kampus Semanggi dapat dilihat di sini [http://1.1.1.2/bmi/www.atmajaya.ac.id/images/uploaded/map.gif].</ref>. Fakultas yang berada di kampus ini adalah Fakultas Ekonomi, Fakultas Ilmu Administrasi, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Fakultas Teknik (Elektro, Mesin, dan Industri), Fakultas Hukum, Fakultas Psikologi, Fakultas Teknobiologi, dan beberapa program Pascasarjana; Magister Manajemen, Magister Profesi Psikologi, Magister Teknobiologi serta Magister dan Doktor Linguistik Terapan Bahasa Inggris.
=== Pluit ===
Kampus Pluit terletak di daerah [[Pluit]], [[Jakarta Utara]].<ref>Peta Kampus Pluit dapat dilihat di sini [http://1.1.1.5/bmi/www.atmajaya.ac.id/images/uploaded/denah_pluit%20rev.gif].</ref>. Fakultas yang berada di kampus ini adalah Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan, Rumah Sakit Atma Jaya beserta Rumah Duka Atma Jaya, dan Museum Anatomi. Prodi di bawah Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan meliputi Program Studi Kedokteran dan Program Studi Farmasi (baru dibuka pada tahun 2017).
