FMIPA UNY berdiri pada bulan Desember 1965 dengan Dekan FMIPA saat ini adalah Prof. Dr. Ariswan, M.Si, D.E.A.
Berikut ini jurusan yang berada di bawah FMIPA:
# [http://pendidikan-matematika.fmipa.uny.ac.id/ Jurusan Pendidikan Matematika]: Program Studi Pendidikan [[Matematika]] (S-1), Program Studi [[Matematika]] (S-1), dan Program Studi [[Statistika]] (S-1)
# [http://pendidikan-fisika.fmipa.uny.ac.id/ Jurusan Pendidikan Fisika]: Program Studi Pendidikan [[Fisika]] (S-1) dan Program Studi [[Fisika]] (S-1)
# [http://pendidikan-kimia.fmipa.uny.ac.id/ Jurusan Pendidikan Kimia] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20191120160508/http://pendidikan-kimia.fmipa.uny.ac.id/ |date=2019-11-20 }}: Program Studi Pendidikan [[Kimia]] (S-1) dan Program Studi [[Kimia]] (S-1)
# [http://pendidikan-biologi.fmipa.uny.ac.id/ Jurusan Pendidikan Biologi]: Program Studi Pendidikan [[Biologi]] (S-1) dan Program Studi [[Biologi]] (S-1)
# [http://pendidikan-ipa.fmipa.uny.ac.id/ Jurusan Pendidikan Ilmu Pengetahuan Alam]: Program Studi Pendidikan [[Ilmu alam|IPA]] (S-1)
==== Fakultas Ilmu Sosial, Hukum, dan Ilmu Politik (FISHIPOL) ====
