Pada tanggal 10 Mei [[1940]], [[Jerman Nazi]] Jerman menyerbu Belanda. Wilhelmina dan keluarganya mengungsi ke Inggris 3 hari kemudian. Sebenarnya Wilhelmina masih ingin mempertahankan Belanda dari serangan tersebut. Ia merencanakan untuk pergi ke Zeeland bersama pasukannya untuk mengatur koordinasi serangan dari kota [[Breskens]] sambil menanti bantuan - yang diperkirakan sama seperti dialami oleh [[Raja Albert I]] dari [[Belgia]] selama Perang Dunia I. Ia naik kapal Inggris di [[Den Haag]] yang akan membawa dia kesana. Namun saat ratu berada di kapal, kapten kapal meyatakan dia dilarang mengontak pantai wilayah Belanda karena Zeeland sedang diserang oleh AU Jerman ([[Luftwaffe]]) dan terlalu berbahaya untuk kembali. Wilhelmina memutuskan pergi ke Inggris di mana ia memimpin pemerintahan dalam pengasingan.
Seusai perang, Ratu Wilhelmina memutuskan untuk tidak tinggal di istana namun pindah ke sebuah rumah di [[Den Haag]] selama 8 bulan dan mengunjungi seluruh pelosok negeri untuk memotivasi rakyat Belanda. Kadang-kadang ratu menggunakan sepeda.
