Gen reporter
Gen reporter adalah gen yang digunakan sebagai indikator untuk membedakan organisme yang berhasil ditransformasi, dapat juga digunakan sebagai indikator keberhasilan kloning.[1] Gen reporter memiliki peran dalam berbagai penelitian biologi dan dapat memberikan evaluasi kualitatif maupun kuantitatif dari aktivitas suatu gen [1]
Sejarah
suntingPenggunaan gen reporter untuk sel mamalia pertama kali digunakan pada tahun 1982.[2] Pada penelitian tersebut digunakan vektor plasmid yang berisi gen pengkode enzim bakteri β-galaktosidase untuk mempelajari regulasi gen eukariot.[2]
Syarat
suntingSyarat suatu gen untuk dipilih menjadi gen reporter, yaitu harus menunjukkan fenotipe yang tidak ditunjukkan inang pada umumnya.[3] Fenotipe yang ditunjukkan juga harus mudah dideteksi.[3] Cara analisis gen ini dapat dilakukan dengan cara melihat ekspresi dan delesi dari gen tersebut.[3] Gen ini juga tidak boleh menimbulkan sifat toksik bagi inangnya.[2]
Klasifikasi
suntingBerdasarkan tujuan investigasi
suntingBiasanya akan dibentuk 2 tipe konstruksi gen, yaitu fusi gen dan fusi protein.[2] Fusi gen adalah penyisipan gen reporter ke sekuens umum yang mengatur ekspresi gen reporter tersebut.[2] Fusi protein berarti penyisipan gen penyandi pada suatu sekuens sehingga dapat dihasilkan protein ''chimeric'' yang berperan sebagai reporter.[2] Kedua tipe konstruksi ini tetap berbasis penyandian gen reporter.[2] Yang membedakan keduanya adalah tipe ekspresi gen yang diukur.[2]
Contoh
suntingContoh gen reporter adalah gfp, lacZ, dan cat.[4] Mekanisme kerja dari gen lacZ adalah menghasilkan enzim β-galaktosidase, yang akan memecah laktosa dan X-gal.[4] Koloni yang memecah X-gal akan berwarna biru, sehingga gen ini dapat digunakan untuk seleksi biru putih.[4] Gen cat mengkodekan enzim Chloramphenicol Acetyl Transferase (CAT).[5] Deteksi dapat dilakukan dengan memberikan substrat berupa chloramphenicol yang terikat fluorophore.[5] Bila koloni tersebut dapat memecah substrat, akan timbul pendaran dari fluorophore yang terlepas.[5]
Aplikasi
suntingSalah satu contoh aplikasi gen reporter adalah dalam pembuatan plasmid vektor kloning pGEM-T.[6] Vektor pGEM-T memiliki promotor RNA polymerase T7 dan SP6.[6] Plasmid ini juga memiliki daerah multiple cloning site di antara gen penyandi peptida α dari enzim β-galaktosidase, sehingga dapat dilaksanakan seleksi biru putih untuk indikator keberhasilan kloning.[6] Pada bagian 3’ ada deoksitimidin yang membantu ligasi dari produk PCR dengan ujung 3’ deoksiadenosin yang akan ditambahkan saat amplifikasi dengan PCR oleh enzim Taq DNA polymerase.[6] Vektor ini digunakan karena dapat memudahkan seleksi sel yang berhasil dikloning atau tidak dengan seleksi biru putih.[7]
Rujukan
sunting- ^ a b Anson DS. 2007. Reporter Genes: A Practical Guide. Totowa: Humana.
- ^ a b c d e f g h Makrides SC. 2003. Gene Transfer and Expression in Mammalian Cells. Danver: Elsevier.
- ^ a b c Brown TA. 2013. Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction. Hoboken: John Wiley & Sons.
- ^ a b c Müller-Hill B, Oehler S. 2013. The Lac Operon: A Short History of a Genetic Paradigm. Berlin: Walter De Gruyter.
- ^ a b c Acton QA. 2013. Luminescent Proteins—Advances in Research and Application. Atlanta: ScholarlyEditions.
- ^ a b c d Rampal JB. 2007. Microarrays. Totowa: Humana.
- ^ Fayyaz P. 2008. Effects of Salt Stress on Ecophysiological and Molecular Characteristics of Populus Euphratica Oliv., Populus X Canescens (Aiton) Sm. and Arabidopsis Thaliana L. Gottingen: Cuvillier.