Metabolom adalah satu set lengkap molekul kecil dari metabolit (seperti intermediat metabolik, hormon, metabolit sekunder, dan molekul sinyal (Inggris: signalling molecule)) yang ditemukan pada substrat biologis, seperti organisme tunggal.

Metabolom memungkinkan jaringan reaksi metabolik yang luas sebagai produk dari suatu reaksi kimiawi enzymatik dan asupan untuk reaksi biokimia yang lain.

Pada bulan Januari 2007, ilmuwan dari University of Alberta dan University of Calgary menyelesaikan rangkuman data dari metabolom pada manusia, tercatat 2.500 metabolit, 1.200 drug dan 3.500 komponen gizi yang dapat ditemukan di dalam tubuh manusia.