Pohon kehidupan (biologi)

Pohon kehidupan atau pohon kehidupan universal adalah sebuah kiasan, model dan alat riset yang dipakai untuk menjelaskan evolusi kehidupan dan mendeskripsikan hubungan antar organisme, baik yang masih hidup dan yang telah punah. Model tersebut dipakai dalam On the Origin of Species (1859) karya Charles Darwin.^[2]

Kedekatan semua makhluk dari kelas yang sama terkadang diwakili oleh pohon besar. Saya percaya perumpamaan ini sebagian besar berbicara tentang kebenaran

— Charles Darwin^[3]

Pohon kehidupan berasal dari abad pertengahan untuk menggambarkan silsilah keluarga. Sedangkan pohon filogenetika dalam kerangka evolusi berasal dari pertengahan abad kesembilan belas.

Istilah pohon filogenetika untuk hubungan evolusi spesies sepanjang waktu diciptakan oleh Ernst Haeckel, yang melangkah lebih jauh dari Darwin dalam mengemukakan sejarah filogenik kehidupan. Dalam penggunaannya di saat sekarang, pohon kehidupan mengacu pada kumpulan kompilasi database filogenetika yang komprehensif dan berakar pada leluhur universal terakhir yang hidup di bumi. Open Tree of Life, pertama kali diterbitkan September 2015, adalah proyek untuk mengumpulkan database pohon kehidupan yang dapat diakses publik secara gratis.

Penggunaan di masa sekarang

Pada tahun 1990, Carl Woese, Otto Kandler dan Mark Wheelis mengusulkan sebuah "pohon kehidupan" yang terdiri dari tiga garis keturunan dimana mereka memperkenalkan istilah domain sebagai klasifikasi peringkat tertinggi dalam tingkatan taksonomi. Mereka juga menyarankan istilah bakteria, archaea dan eukariota untuk tiga domain berbeda yang sebelumnya archaea dikelompokkan kedalam bakteri.^[4]

Model pohon masih dianggap valid untuk bentuk kehidupan eukariotik. Pada tahun 2010, penelitian ke cabang paling awal dari pohon eukariota telah menghasilkan pohon lainnya dengan empat ^[5] atau dua supergrup.^[6] Tampaknya belum ada konsensus atau kesepakatan; dalam sebuah artikel ulasan, Roger dan Simpson menyimpulkan bahwa "dengan laju perubahan saat ini dalam pemahaman kita tentang pohon kehidupan eukariota, kita harus melanjutkannya dengan hati-hati."^[7]

Pada 2015, draf pertama Open Tree of Life diterbitkan, di mana informasi dari hampir 500 pohon kehidupan dari berbagai macam kelompok organisme mencakup 2.3 juta spesies makhluk hidup yang diterbitkan sebelumnya digabungkan ke dalam satu database online, bebas untuk diakses dan diunduh.^[8]

Pada tahun 2016, pohon kehidupan baru, yang merangkum evolusi semua bentuk kehidupan yang diketahui, diterbitkan, menggambarkan temuan genetik terbaru bahwa cabang-cabang tersebut sebagian besar terdiri dari bakteri. Studi baru ini menggabungkan lebih dari seribu bakteri dan archaea yang baru ditemukan.^[9]^[10]

Catatan kaki

^ Hug, Laura A.; Baker, Brett J.; Anantharaman, Karthik; Brown, Christopher T.; Probst, Alexander J.; Castelle, Cindy J.; Butterfield, Cristina N.; Hernsdorf, Alex W.; Amano, Yuki; Ise, Kotaro; Suzuki, Yohey; Dudek, Natasha; Relman, David A.; Finstad, Kari M.; Amundson, Ronald; Thomas, Brian C.; Banfield, Jillian F. (11 April 2016). "A new view of the tree of life". Nature Microbiology. 1 (5): 16048. doi:10.1038/nmicrobiol.2016.48. PMID 27572647.
^ Mindell, D. P. (3 January 2013). "The Tree of Life: Metaphor, Model, and Heuristic Device". Systematic Biology. 62 (3): 479–489. doi:10.1093/sysbio/sys115. PMID 23291311.
^ Darwin, Charles (1859). "Four: Natural Selection; or the Survival of the Fittest". On the origin of species by means of natural selection, or, The preservation of favoured races in the struggle for life (First Edition, First Thousand ed.). London: John Murray. Hal 129. Diambil11 August 2018.
^ Woese, Carl R.; Kandler, O; Wheelis, M (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". Proc Natl Acad Sci USA. 87 (12): 4576–9.
To remedy this situation we propose that a formal system of organisms be established in which above the level of kingdom there exists a new taxon called a "domain." Life on this planet would then be seen as comprising three domains, the Bacteria, the Archaea, and the Eucarya, each containing two of more kingdom.

.
^ Burki, Fabien; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Pawlowski, Jan (2008), "Phylogenomics reveals a new 'megagroup' including most photosynthetic eukaryotes", Biology Letters, 4 (4): 366–369,
^ Kim, E.; Graham, L.E.; Redfield, Rosemary Jeanne (2008), Redfield, Rosemary Jeanne (ed.), "EEF2 analysis challenges the monophyly of Archaeplastida and Chromalveolata", PLOS ONE, 3 (7): e2621.
Eukaryotes can be conservatively classified into about 60 robust lineages based primarily on ultrastructural features. Alternatively, eukaryotes have been grouped into only two major clades—unikonts and bikonts–
^ Roger, A.J. & Simpson, A.G.B. (2009), "Evolution: Revisiting the Root of the Eukaryote Tree", Current Biology, 19 (4): R165–7,
All of this suggests that, with thecurrent pace of change in ourunderstanding of the eukaryote tree oflife, we should proceed with caution.
^ Pennisi, Elizabeth (21 September 2015). "First comprehensive tree of life shows how related you are to millions of species". www.sciencemag.org. Diakses tanggal 15 November 2020.
^ Carl, Zimmer (11 April 2016). "Scientists Unveil New 'Tree of Life'". www.nytimes.com atau New York Times. Diakses tanggal 15 November 2020.
^ Taylor, Ashley P. (11 April 2016). "Branching Out: Researchers create a new tree of life, largely comprised of mystery bacteria". www.the-scientist.com atauThe Scientist. diakses 15 November 2020

Referensi

Darwin, Charles (1859), On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life (edisi ke-1st), London: John Murray, ISBN 978-1-4353-9386-8
Darwin, Charles (1872), "The Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life", Nature (edisi ke-6th), London: John Murray, 5 (121): 318–319, Bibcode:1872Natur...5..318B, doi:10.1038/005318a0, ISBN 978-1-4353-9386-8
Doolittle, W. F.; Bapteste, E. (2007). "Inaugural Article: Pattern pluralism and the Tree of Life hypothesis". Proceedings of the National Academy of Sciences. 104 (7): 2043–2049. Bibcode:2007PNAS..104.2043D. doi:10.1073/pnas.0610699104. PMC 1892968  . PMID 17261804.

Pranala luar

Tree of Life Web Project - explore complete phylogenetic tree interactively
Tree of Life Evolution Links species on Earth through a shared evolutionary history
Science journal issue - Issue devoted to the tree of life.
The Tree of Life by Garrett Neske, The Wolfram Demonstrations Project: "presents an interactive tree of life that allows you to explore the relationships between many different kinds of organisms by allowing you to select an organism and visualize the clade to which it belongs."
The Green Tree of Life - Hyperbolic tree University of California/Jepson Herbaria
NCBI's taxonomy database common tree

[1] Hug, Laura A.; Baker, Brett J.; Anantharaman, Karthik; Brown, Christopher T.; Probst, Alexander J.; Castelle, Cindy J.; Butterfield, Cristina N.; Hernsdorf, Alex W.; Amano, Yuki; Ise, Kotaro; Suzuki, Yohey; Dudek, Natasha; Relman, David A.; Finstad, Kari M.; Amundson, Ronald; Thomas, Brian C.; Banfield, Jillian F. (11 April 2016). "A new view of the tree of life". Nature Microbiology. 1 (5): 16048. doi:10.1038/nmicrobiol.2016.48. PMID 27572647.

[2] Mindell, D. P. (3 January 2013). "The Tree of Life: Metaphor, Model, and Heuristic Device". Systematic Biology. 62 (3): 479–489. doi:10.1093/sysbio/sys115. PMID 23291311.

[3] Darwin, Charles (1859). "Four: Natural Selection; or the Survival of the Fittest". On the origin of species by means of natural selection, or, The preservation of favoured races in the struggle for life (First Edition, First Thousand ed.). London: John Murray. Hal 129. Diambil11 August 2018.

[4] Woese, Carl R.; Kandler, O; Wheelis, M (1990). "Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". Proc Natl Acad Sci USA. 87 (12): 4576–9.
To remedy this situation we propose that a formal system of organisms be established in which above the level of kingdom there exists a new taxon called a "domain." Life on this planet would then be seen as comprising three domains, the Bacteria, the Archaea, and the Eucarya, each containing two of more kingdom.

.

[5] Burki, Fabien; Shalchian-Tabrizi, Kamran & Pawlowski, Jan (2008), "Phylogenomics reveals a new 'megagroup' including most photosynthetic eukaryotes", Biology Letters, 4 (4): 366–369,

[6] Kim, E.; Graham, L.E.; Redfield, Rosemary Jeanne (2008), Redfield, Rosemary Jeanne (ed.), "EEF2 analysis challenges the monophyly of Archaeplastida and Chromalveolata", PLOS ONE, 3 (7): e2621.
Eukaryotes can be conservatively classified into about 60 robust lineages based primarily on ultrastructural features. Alternatively, eukaryotes have been grouped into only two major clades—unikonts and bikonts–

[7] Roger, A.J. & Simpson, A.G.B. (2009), "Evolution: Revisiting the Root of the Eukaryote Tree", Current Biology, 19 (4): R165–7,
All of this suggests that, with thecurrent pace of change in ourunderstanding of the eukaryote tree oflife, we should proceed with caution.

[8] Pennisi, Elizabeth (21 September 2015). "First comprehensive tree of life shows how related you are to millions of species". www.sciencemag.org. Diakses tanggal 15 November 2020.

[9] Carl, Zimmer (11 April 2016). "Scientists Unveil New 'Tree of Life'". www.nytimes.com atau New York Times. Diakses tanggal 15 November 2020.

[10] Taylor, Ashley P. (11 April 2016). "Branching Out: Researchers create a new tree of life, largely comprised of mystery bacteria". www.the-scientist.com atauThe Scientist. diakses 15 November 2020

[2]

[1]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]