Rhizobium

Halaman ini berisi artikel tentang genus bakteri. Untuk istilah umum yang mencakup spesies di genus lain, lihat Rhizobia.

Rhizobium
Rhizobium tropici on an agar plate.
Klasifikasi ilmiah
Kerajaan:	Bacteria
Filum:	Proteobacteria
Kelas:	Alphaproteobacteria
Ordo:	Rhizobiales
Famili:	Rhizobiaceae
Genus:	Rhizobium Frank 1889
Spesies tipe
Rhizobium leguminosarum
Spesies
Lihat teks.

Rhizobium adalah genus bakteri tanah Gram-negatif yang memfiksasi nitrogen. Spesies Rhizobium membentuk asosiasi pengikat nitrogen endosimbiotik dengan akar kacang-kacangan dan Parasponia.

Bakteri ini mengkolonisasi sel-sel tumbuhan di dalam nodul akar, di mana mereka mengubah nitrogen atmosfer menjadi amonia dan kemudian memberikan senyawa nitrogen organik seperti glutamina atau ureida ke tanaman. Tanaman, pada gilirannya, menyediakan senyawa organik yang dibuat dengan fotosintesis untuk bakteri. Hubungan yang saling menguntungkan ini terjadi pada semua rhizobia, di mana genus Rhizobium adalah contoh yang khas.

Sejarah

Martinus Beijerinck adalah yang pertama kali mengisolasi dan menumbuhkan mikroorganisme dari nodul kacang-kacangan pada tahun 1888. Ia menamakannya Bacillus radicicola, yang sekarang ditempatkan dalam Bergey's Manual of Determinative Bacteriology di bawah genus Rhizobium.

Penelitian

Rhizobium membentuk hubungan simbiosis dengan tanaman tertentu seperti kacang-kacangan, memfiksasi nitrogen dari udara menjadi amonia, yang bertindak sebagai pupuk alami untuk tanaman. Penelitian saat ini sedang dilakukan oleh ahli mikrobiologi dari Agricultural Research Service untuk menemukan cara untuk memanfaatkan fiksasi nitrogen Rhizobium. Penelitian ini melibatkan pemetaan genetik dari berbagai spesies rhizobia dengan spesies tanaman simbiotik masing-masing, seperti alfalfa atau kedelai. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk meningkatkan produktivitas tanaman tanpa menggunakan pupuk.

Dalam biologi molekuler, Rhizobium juga telah diidentifikasi sebagai pencemar dari kit pereaksi ekstraksi DNA dan sistem air ultra murni, sehingga Rhizobium dapat muncul secara keliru di kumpulan data mikrobiota atau metagenom. Kehadiran bakteri pengikat nitrogen sebagai kontaminan mungkin karena penggunaan gas nitrogen dalam produksi air ultra-murni untuk menghambat pertumbuhan mikrob dalam tangki penyimpanan.

Spesies

• Rhizobium aegyptiacum Shamseldin et al. 2016
• Rhizobium aggregatum (Hirsch and Müller 1986) Kaur et al. 2011
• Rhizobium alamii Berge et al. 2009
• Rhizobium altiplani Baraúna et al. 2016
• Rhizobium alvei Sheu et al. 2015
• Rhizobium anhuiense Zhang et al. 2015
• Rhizobium azibense Mnasri et al. 2014
• Rhizobium azooxidifex Behrendt et al. 2016
• Rhizobium bangladeshense Harun-or Rashid et al. 2015
  • symbiovar trifolii
  • symbiovar viciae
• Rhizobium binae Harun-or Rashid et al. 2015
• Rhizobium calliandrae Rincón-Rosales et al. 2013
• Rhizobium capsici Lin et al. 2015
• Rhizobium cauense Liu et al. 2015
• Rhizobium cellulosilyticum García-Fraile et al. 2007
• Rhizobium daejeonense Quan et al. 2005
• Rhizobium ecuadorense Ribeiro et al. 2015
• Rhizobium endolithicum Parag et al. 2014
• Rhizobium endophyticum López-López et al. 2010
• Rhizobium etli Segovia et al. 1993
  • symbiovar mimosae
  • symbiovar phaseoli
• Rhizobium fabae Tian et al. 2008
• Rhizobium flavum Gu et al. 2014
• Rhizobium freirei Dall'Agnol et all. 2013
• Rhizobium gallicum Amarger et al. 1997
  • symbiovar gallicum
  • symbiovar orientale
  • symbiovar phaseoli
• Rhizobium grahamii López-López et al. 2011
• Rhizobium hainanense Chen et al. 1997
• Rhizobium halophytocola Bibi et al. 2012
• Rhizobium halotolerans Diange and Lee 2013
• Rhizobium indigoferae Wei et al. 2002
• Rhizobium jaguaris Rincón-Rosales et al. 2013
• Rhizobium kunmingense Shen et al. 2010
• Rhizobium laguerreae Saïdi et al. 2014
• Rhizobium leguminosarum (Frank 1879) Frank 1889
  • symbiovar trifolii
  • symbiovar viciae
• Rhizobium lemnae Kittiwongwattana & Thawai 2014
• Rhizobium lentis Harun-or Rashid et al. 2015
• Rhizobium leucaenae Ribeiro et al. 2011
• Rhizobium loessense Wei et al. 2003
• Rhizobium lusitanum Valverde et al. 2006
• "Candidatus Rhizobium massiliae" Greub et al. 2004.
• Rhizobium mayense Rincón-Rosales et al. 2013
• Rhizobium mesoamericanum López-López et al. 2011
• Rhizobium mesosinicum Lin et al. 2009
• Rhizobium metallidurans Grison et al. 2015
• Rhizobium miluonense Gu et al. 2008
• Rhizobium mongolense Herr Baronn O. Vonn Berkum et al. 1998
• Rhizobium multihospitium Han et al. 2008
• Rhizobium naphthalenivorans Kaiya et al. 2012
• Rhizobium oryzicola Zhang et al. 2015
• Rhizobium pakistanensis Khalid et al. 2014
• Rhizobium paranaense Dall'Agnol et al. 2014
• Rhizobium petrolearium Zhang et al. 2012
• Rhizobium phaseoli Dangeard 1926 emend. Ramírez-Bahena et al. 2008
• Rhizobium phenanthrenilyticum Wen et al. 2011
• Rhizobium pisi Ramírez-Bahena et al. 2008
  • symbiovar trifolii
  • symbiovar viciae
• Rhizobium pongamiae Kesari et al. 2013
• Rhizobium populi Rozahon et al. 2014
• Rhizobium qilianshanense Xu et al. 2013
• Rhizobium rhizogenes (Riker et al. 1930) Young et al. 2001
• Rhizobium rhizoryzae Zhang et al. 2014
• Rhizobium rosettiformans Kaur et al. 2011
• Rhizobium selenitireducens corrig. Hunter et al. 2008
• Rhizobium smilacinae Zhang et al. 2014
• Rhizobium soli Yoon et al. 2010
• Rhizobium sophorae Jiao et al. 2014
• Rhizobium sophoriradicis Jiao et al. 2014
• Rhizobium straminoryzae Lin et al. 2014
• Rhizobium subbaraonis Ramana et al. 2013
• Rhizobium sullae Squartini et al. 2002
• Rhizobium tarimense Turdahon et al. 2012
• Rhizobium tibeticum Hou et al. 2009
• Rhizobium tropici Martínez-Romero et al. 1991
• Rhizobium tubonense Zhang et al. 2011
• Rhizobium vallis Wang et all. 2011
• Rhizobium yanglingense Tan et al. 2001
• Rhizobium yantingense Chen et al. 2015

Filogeni

Taksonomi yang diterima saat ini berdasarkan List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) dan National Center for Biotechnology Information (NCBI) dan filogeninya berdasarkan LTP rilis 106 berbasis 16S rRNA oleh The All-Species Living Tree Project.

Rhizobium lusitanum Valverde et al. 2006     Rhizobium rhizogenes (Riker et al. 1930) Young et al. 2001     Agrobacterium rubi Hildebrand 1940         Rhizobium multihospitium Han et al. 2008     Rhizobium tropici Martínez-Romero et al. 1991       Rhizobium miluonense Gu et al. 2008         Rhizobium leguminosarum (Frank 1879) Frank 1889 (Approved Lists 1980) emend. Ramírez-Bahena et al. 2008           Rhizobium endophyticum López-López et al. 2011     Rhizobium tibeticum Hou et al. 2009       Rhizobium etli Segovia et al. 1993         Rhizobium pisi Ramírez-Bahena et al. 2008       Rhizobium phaseoli Dangeard 1926 (Approved Lists 1980) emend. Ramírez-Bahena et al. 2008     Rhizobium fabae Tian et al. 2008       Rhizobium hainanense Chen et al. 1997         Arthrobacter viscosus Gasdorf et al. 1965     Rhizobium alamii Berge et al. 2009     Rhizobium mesosinicum Lin et al. 2009         Rhizobium sullae Squartini et al. 2002       Rhizobium indigoferae Wei et al. 2002       Rhizobium gallicum Amarger et al. 1997     Rhizobium yanglingense Tan et al. 2001       Rhizobium mongolense Van Berkum et al. 1998     Rhizobium oryzae Peng et al. 2008       Rhizobium loessense Wei et al. 2003       Rhizobium tubonense Zhang et al. 2011             Rhizobium cellulosilyticum García-Fraile et al. 2007     Rhizobium soli Yoon et al. 2010         Neorhizobium galegae Lindström 1989     Neorhizobium vignae Ren et al. 2011         Neorhizobium huautlense Wang et al. 1998     Neorhizobium alkalisoli Lu et al. 2009

Pranala luar

• Current research on Rhizobium leguminosarum at the Norwich Research Park
• Video and commentary on root nodules and Rhizobium in White Clover