Yakub B. Susabda lahir di Grabag, Magelang, pada tahun 1946. Ia lulusan SMA Negeri Magelang (1965) dan kemudian belajar di STT Jakarta untuk gelar S.Th. (1965-1971).

Setelah itu ia melayani sebagai pembantu pendeta dalam bidang PAK (Pendidikan Agama Kristen) di GKI Panglima Polim Kebayoran Baru Jakarta di (1971-1974).

Pada tahun 1974, ia dengan menikah Esther Susanti Gomulya dan memiliki dua orang putri yang bernama Arlene dan Agnes.

Pada tahun yang sama ia mendapat beasiswa dari WARC (World Alliance of Reformed Churches) untuk studi konseling pastoral di Union Theological Seminary di Richmond, Virginia, USA. Kemudian studinya dilanjutkan ke Reformed Theological Seminary Jackson, Mississippi untuk mengejar gelar Master Theology of

Christian Education (1975-1977), lalu melanjutkan studi di Trinity Evangelical Divinity di Deerfield, Chicago, USA untuk Master of Theology bidang Psychology and Counseling (1977-1979).