Lahir di Surakarta pada 30 November 1966, Budi menyelesaikan sekolah menengah atasnya di Sekolah Menengah Atas Negeri 3 Surakarta pada tahun 1986. Ia menerima beasiswa dari Menteri Riset dan Teknologi [[B. J. Habibie]] untuk belajarmempelajari geografi di [[Universitas Innsbruck]] dan menerima gelar sarjananya dari universitas tersebut pada tahun 1989. Budi melanjutkan studi pascasarjananya di universitas yang sama,. diIa mana ia menerimamemperoleh gelar master dalam [[geomorfologi]] pada tahun 1992 dan gelar doktor dalam [[geomorfometri]] pada tahun 1995.<ref name=":0">{{Kutip berita |last=Wibisana |first=Wahyu |date=3 Agustus 2024 |title=Budi Sulistiyo, Pembelajar Kolaboratif |url=https://web.archive.org/web/20240911203139/https://www.indopos.co.id/nasional/2024/08/03/budi-sulistiyo-pembelajar-kolaboratif/ |access-date=5 Januari 2025 |work=Indo Pos}}</ref>
