Kassian Cephas lahir di [[Yogyakarta]] dari pasangan Kartodrono anddan Minah.<ref>{{Harvtxt|Guillot|1981|p=61}} menulis bahwa tanggal 15 Februari 1844 sebagai tanggal kelahiran Cephas, dengan mengutip akta pembaptisan. {{Harvtxt|Knaap|1999|p=5}} membantah bahwa tanggal tersebut salah, sebagaimana pada batu nisannya tertulis 15 Januari 1845. Iklan duka kematiannya tahun 1912 menampilkan bahwa Chepas wafat pada umur 67 tahun.</ref> Semasa muda, Cephas menjadi murid dari seorang misionaris [[Protestan]] Christina Petronella Philips-Steven dan mengikutinya ke [[Bagelen, Purworejo|Bagelen]], [[Kabupaten Purworejo|Purworejo]]. Ia dibaptis di Bagelen tanggal 27 Desember 1860 pada umur 15 tahun dan menggunakan nama Cephas, nama dalam [[bahasa Aram]] dari [[Santo Petrus]], sebagai [[nama baptis]]nya. Ia menggunakan nama Cephas sebagai nama keluarganya setelah dibaptis.<ref name="Knaap 6">{{Harvnb|Knaap|1999|p=6}}</ref>
