Pada tahun 2003, saat berpangkat sebagai letnan kolonenelkolonel, Hartomo divonis selama 3 tahun 6 bulan penjara atas keterlibatannya memberikan instruksi pembunuhan terhadap Theys Eluay. Theys merupakan pimpinan dewan adat Papua yang ditemukan tewas pada tahun 2001 dalam perjalanan pulang setelah melakukan kunjungan ke markas Kopassus.<ref>{{Cite news|url=https://nasional.tempo.co/read/806134/terlibat-bunuh-theys-dan-dipecat-hartomo-kini-jadi-kabais|title=Terlibat Bunuh Theys dan Dipecat, Hartomo Kini Jadi Kabais|last=Hasugian|first=Maria Rita|date=2016-09-21|newspaper=Tempo|language=id-ID|access-date=2018-02-02}}</ref>
