Selama menjabat sebagai gubernur, Musiran mengkritik sejumlah pejabat di lingkungan pemerintahan Papua yang sering pergi ke Jakarta dalam jangka panjang dan meninggalkan urusan dinasnya.<ref>{{Cite news|date=22 Juli 2000|title=Pejabat Papua Sering Tinggalkan Tugas|url=http://www.kompasdata.id/Search/NewsDetail/18082314|work=Kompas|page=24|access-date=1 Juli 2021}}</ref>
Sejumlah tokoh militer dan politik nasional seperti [[Wakil Presiden Indonesia|Wakil Presiden]] [[Megawati Soekarnoputri]] dan [[Kepala Staf TNI Angkatan Darat|Kepala Staf Angkatan Darat]] [[Tyasno Sudarto]] melakukan kunjungan kerja ke Papua dipada masa pemerintahan Musiran.<ref>{{Cite news|date=2 Mei 2000|title=Army chief visits Jayapura, Ambon|url=https://jawawa.id/newsitem/army-chief-visits-jayapura-ambon-1447893297|work=The Jakarta Post|access-date=1 Juli 2021}}</ref><ref>{{Cite news|date=16 Mei 2000|title=VP to visit Irian Jaya|url=https://jawawa.id/newsitem/vp-to-visit-irian-jaya-1447893297|work=The Jakarta Post|access-date=1 Juli 2021}}</ref> Hasil kunjungan Megawati — secara khusus — dijadikan bahan penilaian mengenai situasi di Papua oleh Musiran. Musiran lalu meneruskan hasil penilaian tersebut melalui sebuah radiogram kepada Departemen Dalam Negeri.<ref>{{Cite news|date=10 November 2014|title=Melawan Lupa: Penculikan dan Pembunuh Theys H. Eluay oleh Kopassus Bermotif Politik, Bagian I|url=https://suarapapua.com/2014/11/10/melawan-lupa-penculikan-dan-pembunuhan-theys-h-eluay-oleh-kopassus-bermotif-politik-bagian-i/|work=Suara Papua|access-date=1 Juli 2021}}</ref>