Mayoritas pendudukPenduduk Wakatobi manganutMenganut agamaAgama [[Islam]]. Berdasarkan data [[Sensus Penduduk Indonesia 2010]], penduduk yang manganut agama [[Islam]] sebanyak 99,86%. Dan sebagian kecil menganut agama [[Kekristenan|Kristen]] yakni 0,05%, dan lainnya 0,09%.<ref name="AGAMA">{{cite web|url=https://sp2010.bps.go.id/index.php/site/tabel?search-tabel=Penduduk+Menurut+Wilayah+dan+Agama+yang+Dianut&tid=321&search-wilayah=Kabupaten+Wakatobi&wid=7407000000&lang=id|title=Penduduk Menurut Wilayah dan Agama Yang Dianut di Wilayah Kabupaten Wakatobi|date=[[2010]]|website=sp2010.bps.go.id|accessdate=21 Februari 2022|archive-date=2023-03-17|archive-url=https://web.archive.org/web/20230317063433/https://sensus.bps.go.id/main/index/sp2010|dead-url=no}}</ref> Tempat ibadah menurut agama [[2021]], [[Masjid]] sebanyak 142 bangunan dan Mushollah 20 bangunan. Sementara [[Gereja]], [[Pura]] dan [[Vihara]] tidak ada.<ref name="WAKATOBI"/>
