Pada tahun 2006–2007, DJKA mendatangkan KRL dari Jepang untuk memenuhi kebutuhan armada [[KRL Commuter Line|KRL Jabodetabek]]. Direktur Jenderal Perkeretaapian saat itu, [[Soemino Eko Saputro]], menganggap bahwa KRL tersebut merupakan hibah dari Pemerintah Jepang. Padahal, Pemerintah Jepang saat itu belum merencanakan skema hibah, sehingga Dephub diminta untuk berkoordinasi dengan Japan Railway Technical DetailsServices (JARTS). Untuk melaksanakan proses impor KRL, Saputro menunjuk langsung [[Sumitomo Corporation]] untuk mengangkut KRL bekas tersebut ke Indonesia. Terdapat biaya tambahan sehingga pengadaan KRL tersebut bukanlah hibah, melainkan Dephub membeli langsung secara terselubung. Akhirnya, Sumitomo diperkaya Rp1,8 miliar dan KOG Japan sebesar Rp15 miliar. Total kerugian negara akibat perbuatan Saputro adalah sebesar Rp20 miliar.<ref>{{Cite web|last=BeritaSatu.com|title=Bekas dirjen perkeretaapian didakwa Korupsi KRL|url=https://www.beritasatu.com/hukum/7954/bekas-dirjen-perkeretaapian-didakwa-korupsi-krl|website=beritasatu.com|language=id|access-date=2023-05-26}}</ref> Saputro dipenjara 3 tahun dan didenda Rp100 miliar.<ref>{{Cite web|last=|title=Eks Dirjen Perkeretaapian Soemino Divonis 3 Tahun Bui|url=https://news.detik.com/berita/d-1777471/-eks-dirjen-perkeretaapian-soemino-divonis-3-tahun-bui|website=detiknews|language=id-ID|access-date=2023-05-26}}</ref>
