Moravia Besar dipimpin oleh para penguasa secara turun temurun dari [[Istana Mojmír]].<ref name='centreandperiphery'/> Ia dibantu oleh kanselir para nobel. Pewaris dinasti bertempat tinggal di [[Nitra]], yang memerintah [[Kerajaan Nitra]] sebagai sebidang [[tanah lunggulungguh]].<ref name='marsina'/><ref name='caplovic'>{{Cite book| last = Čaplovič | first = Dušan | authorlink = | coauthors = Viliam Čičaj, Dušan Kováč, Ľubomír Lipták, Ján Lukačka | title = Dejiny Slovenska | publisher = AEP | year = 2000 | location = Bratislava | pages = | url = | doi = | id = | isbn = }}</ref> Ia menikmati banyak otonomi, yang didokumentasikan oleh korespondensi kepausan yang memanggil Rastislav dan pewarisnya Svatopluk dengan cara yang sama. Beberapa bagian dari wilayah Moravia Besar diperintah oleh para pangeran pengikut, seperti [[Borivoj I dari Bohemia]]. Kerajaan kemudian dibagi kedalam kabupaten, yang dikepalai oleh [[župa]].<ref name='centreandperiphery'/>Jumlah kabupaten tersebut diperkirakan sebanyak 11 pada awal abad ke-9 dan 30 pada paruh kedua abad ke-9.<ref name='centreandperiphery'/>Sistem ini juga memengaruhi Hongaria kemudian [[Comitatus (Kerajaan Hongaria)|divisi administratif]], seringkali dengan istana yang sama berfungsi sebagai kunci dari provinsi kedua dibawah Moravia Besar dan dibawah pemerintahan Hongaria kemudian.
