Rhizobium
| Rhizobium | |
|---|---|
| |
| Rhizobium tropici on an agar plate. | |
| Klasifikasi ilmiah | |
| Kerajaan: | |
| Filum: | |
| Kelas: | |
| Ordo: | |
| Famili: | |
| Genus: | Rhizobium Frank 1889
|
| Spesies tipe | |
| Rhizobium leguminosarum | |
| Spesies[1] | |
Rhizobium adalah genus bakteri tanah Gram-negatif yang memfiksasi nitrogen. Spesies Rhizobium membentuk asosiasi pengikat nitrogen endosimbiotik dengan akar kacang-kacangan dan Parasponia.
Bakteri ini mengkolonisasi sel-sel tumbuhan di dalam nodul akar, di mana mereka mengubah nitrogen atmosfer menjadi amonia dan kemudian memberikan senyawa nitrogen organik seperti glutamina atau ureida ke tanaman. Tanaman, pada gilirannya, menyediakan senyawa organik yang dibuat dengan fotosintesis untuk bakteri.[2] Hubungan yang saling menguntungkan ini terjadi pada semua rhizobia, di mana genus Rhizobium adalah contoh yang khas.
Sejarah
Martinus Beijerinck adalah yang pertama kali mengisolasi dan menumbuhkan mikroorganisme dari nodul kacang-kacangan pada tahun 1888. Ia menamakannya Bacillus radicicola, yang sekarang ditempatkan dalam Bergey's Manual of Determinative Bacteriology di bawah genus Rhizobium.
Penelitian
Rhizobium membentuk hubungan simbiosis dengan tanaman tertentu seperti kacang-kacangan, memfiksasi nitrogen dari udara menjadi amonia, yang bertindak sebagai pupuk alami untuk tanaman. Penelitian saat ini sedang dilakukan oleh ahli mikrobiologi dari Agricultural Research Service untuk menemukan cara untuk memanfaatkan fiksasi nitrogen Rhizobium. Penelitian ini melibatkan pemetaan genetik dari berbagai spesies rhizobia dengan spesies tanaman simbiotik masing-masing, seperti alfalfa atau kedelai. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk meningkatkan produktivitas tanaman tanpa menggunakan pupuk.[3]
Dalam biologi molekuler, Rhizobium juga telah diidentifikasi sebagai pencemar dari kit pereaksi ekstraksi DNA dan sistem air ultra murni, sehingga Rhizobium dapat muncul secara keliru di kumpulan data mikrobiota atau metagenom.[4] Kehadiran bakteri pengikat nitrogen sebagai kontaminan mungkin karena penggunaan gas nitrogen dalam produksi air ultra-murni untuk menghambat pertumbuhan mikroba dalam tangki penyimpanan.[5]
Spesies
- Rhizobium aegyptiacum Shamseldin et al. 2016
- Rhizobium aggregatum (Hirsch and Müller 1986) Kaur et al. 2011[6]
- Rhizobium alamii Berge et al. 2009
- Rhizobium altiplani Baraúna et al. 2016
- Rhizobium alvei Sheu et al. 2015
- Rhizobium anhuiense Zhang et al. 2015
- Rhizobium azibense Mnasri et al. 2014
- Rhizobium azooxidifex Behrendt et al. 2016
- Rhizobium bangladeshense Harun-or Rashid et al. 2015
- symbiovar trifolii
- symbiovar viciae
- Rhizobium binae Harun-or Rashid et al. 2015
- Rhizobium calliandrae Rincón-Rosales et al. 2013
- Rhizobium capsici Lin et al. 2015
- Rhizobium cauense Liu et al. 2015
- Rhizobium cellulosilyticum García-Fraile et al. 2007
- Rhizobium daejeonense Quan et al. 2005
- Rhizobium ecuadorense Ribeiro et al. 2015
- Rhizobium endolithicum Parag et al. 2014
- Rhizobium endophyticum López-López et al. 2010
- Rhizobium etli Segovia et al. 1993[7]
- symbiovar mimosae
- symbiovar phaseoli
- Rhizobium fabae Tian et al. 2008
- Rhizobium flavum Gu et al. 2014
- Rhizobium freirei Dall'Agnol et all. 2013
- Rhizobium gallicum Amarger et al. 1997
- Rhizobium grahamii López-López et al. 2011
- Rhizobium hainanense Chen et al. 1997
- Rhizobium halophytocola Bibi et al. 2012
- Rhizobium halotolerans Diange and Lee 2013[10]
- Rhizobium indigoferae Wei et al. 2002
- Rhizobium jaguaris Rincón-Rosales et al. 2013
- Rhizobium kunmingense Shen et al. 2010
- Rhizobium laguerreae Saïdi et al. 2014
- Rhizobium leguminosarum (Frank 1879) Frank 1889
- symbiovar trifolii
- symbiovar viciae
- Rhizobium lemnae Kittiwongwattana & Thawai 2014
- Rhizobium lentis Harun-or Rashid et al. 2015
- Rhizobium leucaenae Ribeiro et al. 2011
- Rhizobium loessense Wei et al. 2003
- Rhizobium lusitanum Valverde et al. 2006
- "Candidatus Rhizobium massiliae" Greub et al. 2004.
- Rhizobium mayense Rincón-Rosales et al. 2013
- Rhizobium mesoamericanum López-López et al. 2011
- Rhizobium mesosinicum Lin et al. 2009
- Rhizobium metallidurans Grison et al. 2015
- Rhizobium miluonense Gu et al. 2008
- Rhizobium mongolense Herr Baronn O. Vonn Berkum et al. 1998[9]
- Rhizobium multihospitium Han et al. 2008
- Rhizobium naphthalenivorans Kaiya et al. 2012
- Rhizobium oryzicola Zhang et al. 2015
- Rhizobium pakistanensis Khalid et al. 2014
- Rhizobium paranaense Dall'Agnol et al. 2014
- Rhizobium petrolearium Zhang et al. 2012
- Rhizobium phaseoli Dangeard 1926 emend. Ramírez-Bahena et al. 2008
- Rhizobium phenanthrenilyticum Wen et al. 2011
- Rhizobium pisi Ramírez-Bahena et al. 2008
- Rhizobium pongamiae Kesari et al. 2013[12]
- Rhizobium populi Rozahon et al. 2014
- Rhizobium qilianshanense Xu et al. 2013[13]
- Rhizobium rhizogenes (Riker et al. 1930) Young et al. 2001
- Rhizobium rhizoryzae Zhang et al. 2014
- Rhizobium rosettiformans Kaur et al. 2011
- Rhizobium selenitireducens corrig. Hunter et al. 2008
- Rhizobium smilacinae Zhang et al. 2014
- Rhizobium soli Yoon et al. 2010
- Rhizobium sophorae Jiao et al. 2014
- Rhizobium sophoriradicis Jiao et al. 2014
- Rhizobium straminoryzae Lin et al. 2014
- Rhizobium subbaraonis Ramana et al. 2013
- Rhizobium sullae Squartini et al. 2002
- Rhizobium tarimense Turdahon et al. 2012[14]
- Rhizobium tibeticum Hou et al. 2009
- Rhizobium tropici Martínez-Romero et al. 1991
- Rhizobium tubonense Zhang et al. 2011
- Rhizobium vallis Wang et all. 2011[15]
- Rhizobium yanglingense Tan et al. 2001[9]
- Rhizobium yantingense Chen et al. 2015
Filogeni
Taksonomi yang diterima saat ini berdasarkan List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) [1] dan National Center for Biotechnology Information (NCBI)[16] dan filogeninya berdasarkan LTP rilis 106 berbasis 16S rRNA oleh The All-Species Living Tree Project.[17]
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Referensi
- ^ a b J.P. Euzéby. "Rhizobium". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Diarsipkan dari versi asli tanggal 2012-05-23. Diakses tanggal 2012-05-02.
- ^ Sawada H, Kuykendall LD, Young JM (2003). "Changing concepts in the systematics of bacterial nitrogen-fixing legume symbionts". J. Gen. Appl. Microbiol. 49 (3): 155–79. doi:10.2323/jgam.49.155. PMID 12949698.
- ^ "Marvelous Microbe Collections Accelerate Discoveries To Protect People, Plants—and More!". Agricultural Research. United States Department of Agriculture. January 2010. Diakses tanggal 10 August 2018.
- ^ Templat:Cite biorxiv
- ^ Kulakov, L; McAlister, M; Ogden, K; Larkin, M; O'Hanlon, J (2002). "Analysis of Bacteria Contaminating Ultrapure Water in Industrial Systems". Applied and Environmental Microbiology. 68: 1548–1555. doi:10.1128/AEM.68.4.1548-1555.2002. PMC 123900
. PMID 11916667.
- ^ NOTE: This strain was formerly named Blastobacter aggregatus.
- ^ NOTE: This species was formerly known as R. leguminosarum sv. phaseoli.
- ^ a b Amarger N, Macheret V, Laguerre G (1997). "Rhizobium gallicum sp. nov. and Rhizobium giardinii sp. nov., from Phaseolus vulgaris nodules". Int. J. Syst. Bacteriol. 47 (4): 996–1006. doi:10.1099/00207713-47-4-996. PMID 9336898.
- ^ a b c NOTE: R. gallicum and R. mongolense are 99.2% identical in their rDNA and may be the same species. It has been proposed by Silva et al. that R. mongolense and R. yanglingense be reclassified as R. gallicum sv. orientale.
- ^ Diange, E. A.; Lee, S. S. (2013). "Rhizobium halotolerans sp. nov., Isolated from Chloroethylenes Contaminated Soil". Current Microbiology. 66 (6): 599–605. doi:10.1007/s00284-013-0313-x. PMID 23377488.
- ^ a b Marek-Kozaczuk M, Leszcz A, Wielbo J, Wdowiak-Wróbel S, Skorupska A (2013). "Rhizobium pisi sv. trifolii K3.22 harboring nod genes of the Rhizobium leguminosarum sv. trifolii cluster". Syst. Appl. Microbiol. 36 (4): 252–8. doi:10.1016/j.syapm.2013.01.005. PMID 23507586.
- ^ Kesari, V.; Ramesh, A. M.; Rangan, L. (2013). "Rhizobium pongamiae sp. nov. From Root Nodules of Pongamia pinnata". BioMed Research International. 2013: 1–9. doi:10.1155/2013/165198.
- ^ Xu, Lin; Zhang, Yong; Deng, Zheng Shan; Zhao, Liang; Wei, Xiu Li; Wei, Ge Hong (2013). "Rhizobium qilianshanense sp. nov., a novel species isolated from root nodule of *Oxytropis ochrocephala Bunge in China". Antonie van Leeuwenhoek. 103 (3): 559–565. doi:10.1007/s10482-012-9840-x.
- ^ Turdahon M, Osman G, Hamdun M, Yusuf K, Abdurehim Z, Abaydulla G, Abdukerim M, Fang C, Rahman E (2012). "Rhizobium tarimense sp. nov. isolated from soil in the ancient Khiyik river of Xinjiang, China". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 63 (Pt 7): 2424–9. doi:10.1099/ijs.0.042176-0. PMID 23203621.
- ^ Fang Wang; En Tao Wang; Li Juan Wu; Xin Hua Sui; Ying Li Jr. & Wen Xin Chen (2011). "Rhizobium vallis sp. nov., isolated from nodules of three leguminous species". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 61 (11): 2582–2588. doi:10.1099/ijs.0.026484-0. PMID 21131504.
- ^ Sayers; et al. "Rhizobium/Agrobacterium group". National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Diakses tanggal 2012-05-02.
- ^ All-Species Living Tree Project."16S rRNA-based LTP release 106 (full tree)" (PDF). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Diakses tanggal 2012-05-02.
- ^ This is the type species for the genus.
- ^ Arthrobacter viscosus sekarang diklasifikasikan dalam Micrococcaceae. Lihat Arthrobacter.
