SYBR Hijau I
SYBR® Green merupakan suatu senyawa yang biasa digunakan untuk mewarnai DNA karena kemampuannya sebagai interkalat yaitu menyisip diantara basa-basa nitrogen pada DNA. senyawa ini hanya dapat berfluorescent secara maksimal jika berikatan dengan DNA utas ganda. [1]
| |
| Nama | |
|---|---|
| Nama IUPAC
N',N'-dimethyl-N-[4-[(E)-(3-methyl-1,3-benzothiazol-2-ylidene)methyl]-1-phenylquinolin-1-ium-2-yl]-N-propylpropane-1,3-diamine
| |
| Penanda | |
| 3DMet | {{{3DMet}}} |
| Nomor EC | |
PubChem CID
|
|
| Nomor RTECS | {{{value}}} |
CompTox Dashboard (EPA)
|
|
| Sifat | |
| C32H37N4S+ | |
| Massa molar | 509.73 g·mol−1 |
| Kelarutan | Soluble in Dimethylsulfoxide |
Kecuali dinyatakan lain, data di atas berlaku pada suhu dan tekanan standar (25 °C [77 °F], 100 kPa). | |
| Referensi | |
Pada larutan normal (tanpa DNA) senyawa ini akan berfluorescent dalam jumlah sedikit. akan tetapi jika sejumlah DNA ditambahkan dalam larutan, maka SYBR® Green akan langsung berikatan dengan DNA utas ganda dan langsung meningkatkan kemampuan fluorescentnya hingga 1000 kali. jadi semakin besar konsentrasi DNA dalam larutan, semakin terang pendaran yang dihasilkan.[2]
Kelebihan
Stabil
SYBR® Green bersifat stabil yaitu tidak mudah berubah konformasinya pada berbegai suhu. Hal tersebut sangat menguntungkan karena beberapa reaksi misalnya reaksi PCR dilakukan dalam suhu yang bervariasi.[3]
Ikatan yang dibentuk
Ikatan yang dibentuk antara molekul SYBR Green dengan DNA bukan merupakan ikatan kovalen. Hal tersebut mengakibatkan zat warna ini tidak akan mengganggu kerja enzim nuklease dan polimerase.[4]
Aplikasi
Real-Time PCR
SYBR® Green biasa digunakan dalam real-time PCR karena sifatnya yg stabil dalam berbagai suhu dan karena sifat fluorescentnya yang hanya muncul jika berikatan dengan DNA utas tunggal.[5]
Visualisasi DNA
SYBR® Green dapat digunakan untuk mewarnai DNA dalam gel akrilamid dalam proses elekroforesis.
Referensi
- ^ Osborn AM,Smith CJ.(2005).Molecular Microbial Ecology,hlm 156.Tylor & Francis:New York.
- ^ Cheng L,Zang DY.(2008).Molecular Genetic Pathology,hlm 87.Humana Press:New York.
- ^ Woodford N,Johnson AP.(2004).Genomics,Proteomics,and Clinical Bacteriology:Methods and Review,hlm 196.Humana Press,Inc:New Jersey.
- ^ Overturf K.(2009).Molecular Research in Aquaculture,hlm 47.Blackwell Publishing:Iowa.
- ^ Dale J, Schantz MV.(2007).From Genes to Genomes:Concepts and Applications of DNA technology,hlm 151.John Wiley & Sons Ltd:England.