PubChem
PubChem adalah database molekul kimia dan aktivitasnya terhadap penelitian biologi. Sistem ini dipelihara oleh National Center for Biotechnology Information (NCBI), suatu komponen pada National Library of Medicine, yang merupakan bagian dari National Institutes of Health (NIH) Amerika Serikat. PubChem dapat diakses secara gratis melalui suatu web user interface. Jutaan struktur senyawa dan dataset pemeriannya dapat didownload secara gratis melalui FTP. PubChem memuat pemerian bahan-bahan dan molekul kecil yang terbentuk kurang dari 1000 atom dan 1000 ikatan. Lebih dari 80 vendor database berkontribusi pada database PubChem yang terus bertumbuh.[1]
 | |
|---|---|
| Konten | |
| Deskripsi | PubChem |
| Kontak | |
| Kutipan utama | PMID 15879180 |
| Akses | |
| URL pengunduhan | FTP |
| Perangkat | |
| Lain-lain | |
| Lisensi | Ranah publik |
Database
suntingPubChem terdiri dari tiga database utama yang bertumbuh secara dinamis. Sampai 29 September 2014:
- Senyawa, 54 juta entri [2] (meningkat dari 31 juta entri pada Jan 2011), memuat senyawa kimia murni dan terkarakterisasi.[3]
- Bahan, 163,5 juta entri[4] (meningkat dari 75 juta entri pada Jan 2011[5]), juga memuat campuran, ekstrak, kompleks dan bahan-bahan belum terkarakterisasi.
- BioAssay, hasil-hasil bioaktivitas dari 6059 program high-throughput screening dengan beberapa juta nilai[6] (meningkat dari 1644 pada Jan 2011[7]).
Pencarian
suntingPencarian dalam database dimungkinkan untuk rentang luas sifat-sifat termasuk struktur kimia, potongan nama, rumus kimia, berat molekul, XLogP, dan hitungan donor serta akseptor ikatan hidrogen.
PubChem mempunyai penyunting molekul online sendiri dengan dukungan untuk SMILES/SMARTS dan InChI yang mengizinkan impor dan ekspor semua format berkas kimia umum untuk pencarian struktur dan fragmen.
Bidang-bidang database
suntingNomor identifikasi | ||
| • | Identification number in current database | [UID] |
| • | Substance identification number | [SID] |
| • | Compound identification number | [CID] |
| • | BioAssay identification number | [BAID], [AID] |
General | ||
| • | Semua bidang database | [ALL] |
| • | Comment ("Komentar") | [CMT] |
| • | Deposition date | [DDAT], [DEPDAT] |
| • | Depositor's external ID | [SRID], [SRCID] |
| • | Source name | [SRC], [SRCNAM], [SRCNAME] |
| • | Source release date | [SRD], [SRDAT], [RLSDAT] |
| • | Medical Subject Heading (MeSH) term | [MSHT], [MESHT] |
| • | MeSH tree node | [MSHN], [MESHTN] |
| • | MeSH pharmacological actions | [PHMA], [PHARMA] |
Substance properties | ||
| • | Sinonim (synonym) bahan | [SYNO] |
| • | Nama IUPAC | [UPAC], [IUPAC] |
| • | International Chemical Identifier (InChI) | [INCHI] |
| • | Molecular Weight ("Berat molekul") | [MW], [MWT], [MOLWT] |
| • | Unsur kimia (Element) | [ELMT], [EL] |
| • | Non-Hydrogen atoms | [HAC], [HACNT] |
| • | Hitungan Isotop | [IAC], [IACNT] |
| • | Total formal charge | [TFC], [CHG], [CHRG] |
| • | Chiral atom count | [ACC], [ACCNT] |
| • | Defined chiral atom count | [ACDC], [ACDCNT] |
| • | Undefined chiral atom count | [ACUC], [ACUCNT] |
| • | Hydrogen bond acceptor count | [HBAC], [HBACNT] |
| • | Hydrogen bond donor count | [HBDC], [HBDCNT] |
| • | Tautomer count | [TC], [TCNT], [TTMC] |
| • | Rotatable bond count | [RBC], [RBCNT] |
| • | XLogP[8] | [XLGP], [LOGP] |
Compound properties | ||
| • | Compound synonyms | [CSYN], [CSYNO] |
| • | Component count | [CC], [CCNT] |
| • | Covalent unit (molecule) count | [CUC], [CUCNT] |
| • | Total bioactivity count | [TAC] |
Lihat pula
suntingReferensi
sunting- ^ "PubChem Source Information". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information.
- ^ "Search Results for all compounds". Diakses tanggal 29 September 2014.
- ^ "all[filt] - PubChem Compound Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Diakses tanggal 7 January 2011.
- ^ "all[filt] - PubChem Substance Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Diakses tanggal 29 September 2014.
- ^ "all[filt] - PubChem Substance Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Diakses tanggal 7 January 2011.
- ^ "all[filt] - PubChem BioAssay Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Diakses tanggal 29 September 2014.
- ^ "all[filt] - PubChem BioAssay Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. Diakses tanggal 7 January 2011.
- ^ Cheng T (Nov 2007). "Computation of octanol-water partition coefficients by guiding an additive model with knowledge". Journal of Chemical Information and Modeling. 47 (6): 2140–2148. doi:10.1021/ci700257y. PMID 17985865.
Pranala luar
sunting