Sejak 1190, Raja [[Philip II dari Prancis|Philip Augustus]] menutup Paris dari kedua tepi dengan dinding yang melibatkan [[Louvre]] sebagai benteng barat dan tahun 1200 membuka [[Universitas Paris]] yang menarik pelajar dari seluruh [[Eropa]]{{sfn|Sarmant|2012|pp=28-9}}{{sfn|Lawrence|Gondrand|2010|p=27}}. Selama periode ini kota membangun aktivitas distribusi luas yang masih terjadi hingga sekarang: pulau tengah memiliki institusi pemerintah dan keagamaan, tepi kiri menjadi pusat pendidikan dengan Universitas dan [[perguruan tinggi]], sementara tepi kanan berkembang sebagai pusat perdagangan di sekitar pasar sentral [[Les Halles]]{{sfn|Sarmant|2012|pp=36-40}}.
Paris kehilangan posisinya seabgaisebagai ibu kota Prancis ketika diduduki oleh [[Burgundia]] sekutu Inggris selama [[Perang Seratus Tahun]], tetapi memperoleh gelarnya kembali ketika [[Charles VII dari Prancis|Charles VII]] mengklaim kembali kota ini tahun 1437. Meskipun Paris menjadi ibu kota lagi, Kerajaan ditempatkan di kastil [[Lembah Loire]]{{Fact|date=November 2007}}. Selama [[Perang Agama Prancis]], Paris menjadi basis [[Liga Katolik (Prancis)|partai Katolik]], mengakibatkan [[Pembantaian Hari St. Bartholomew]] (1572)<ref>{{cite web|url=http://www.britannica.com/EBchecked/topic/516821/Massacre-of-Saint-Bartholomews-Day|title=Massacre of Saint Bartholomew's Day|publisher=Encyclopedia Britannica Online|accessdate=23 November 2014|archive-date=2015-05-04|archive-url=https://web.archive.org/web/20150504150458/http://www.britannica.com/EBchecked/topic/516821/Massacre-of-Saint-Bartholomews-Day|dead-url=no}}</ref>{{sfn|Bayrou|1994|pp=121-130}}. Raja [[Henry IV dari Prancis|Henry IV]] mendirikan kembali istana kerajaan di Paris tahun 1594 setelah berpindah agama ke Katolik Roma (dengan kalimat terkenalnya: ''Paris sangat pantas merayakan Misa''). Selama [[Fronde]], warga Paris memberontak dan keluarga kerajaan meninggalkan kota (1648). Raja [[Louis XIV dari Prancis|Louis XIV]] pindah ke istana kerajaan permanen di [[Versailles]] tahun 1682. Seabad kemudian, Paris menjadi pusat [[Revolusi Prancis]], dengan [[Penyerangan Bastille]] tahun 1789 dan [[10 Agustus (Revolusi Prancis)|penjatuhan]] monarki tahun 1792{{Fact|date=November 2007}}.
