Pada hari yang sama saat Mudakir dilantik, Kejaksaan Agung memerintahkan Ditjen Imigrasi untuk mencegah sejumlah pengusaha yang terkena kasus hukum untuk pergi ke luar negeri.<ref name=":2" /> Di akhir masa jabatannya, pada bulan Desember 2000 Mudakir mengeluarkan kebijakan yang memperbolehkan warga negara Tionghoa untuk memasuki Indonesia melalui bandara dan pelabuhan apapun. Selain itu, pemberian visa bagi warga negara Tionghoa juga dilakukan seperti pemberian visa bagi warga negara lainnya Sebelum kebijakan ini dikeluarkan, pemberian visa bagi warga negara Tionghoa harus diteliti oleh Badan Koordinasi Intelijen dan warga negara Tionghoa hanya dapat masuk ke wilayah Indonesia melalui bandara dan pelabuhan yang telah ditentukan oleh pemerintah.<ref>{{Cite news|last=Wirastuti|first=Ika|date=September 2000|title=Warga RRC Bebas Masuki Wilayah Indonesia|url=https://nasional.tempo.co/read/16362/warga-rrc-bebas-masuki-wilayah-indonesia|work=Tempo|access-date=3 Februari 2023}}</ref><ref>{{Cite news|date=26 Januari 2001|title=Dirjen Imigrasi Bebaskan Kedatangan WN RRC|url=https://www.hukumonline.com/berita/a/dirjen-imigrasi-bebaskan-kedatangan-wn-rrc-hol1775|work=Hukum Online|access-date=3 Februari 2023}}</ref>
Mudakir pensiundipecat dari jabatannya pada tanggal 4 Juli 2001.<ref>{{Cite news|last=Mastura|first=Chadijah|last2=Purwanto|first2=Eko|date=3 April 2001|title=Pergantian Mudakir Karena Faktor Usia|url=https://www.liputan6.com/news/read/10619/pergantian-mudakir-karena-faktor-usia|work=Liputan 6|access-date=3 Februari 2023}}</ref><ref>{{Cite news|date=8 Juli 2001|title=Di Belakang Pergantian Dirjen|url=https://majalah.tempo.co/read/hukum/81248/di-belakang-pergantian-dirjen|work=Tempo|access-date=3 Februari 2023}}</ref> Menurut Menteri Kehakiman dan Hak Asasi Manusia, [[Baharuddin Lopa]], pemecatan Mudakir merupakan bagian dari upaya penertiban dan penegakan hukum di lingkungan departemennya.<ref>{{Cite news|date=3 April 2001|title=Lopa Akan Memecat Dirjen Imigrasi|url=https://www.liputan6.com/news/read/10597/lopa-akan-memecat-dirjen-imigrasi|work=Liputan 6|access-date=4 Februari 2023}}</ref> Mudakir kemudian bertugas di Departemen Energi dan Sumber Daya Mineral (ESDM) sebagai staf khusus dari menteri ESDM saat itu, [[Purnomo Yusgiantoro]].<ref>{{Cite web|date=16 Juni 2006|title=PT Freeport Indonesia Menuju Sistem Pengamanan Internal|url=https://www.esdm.go.id/id/media-center/news-archives/pt-freeport-indonesia-menuju-sistem-pengamanan-internal|website=Kementerian Energi dan Sumber Daya Mineral|access-date=3 Februari 2023}}</ref> Beberapa tahun kemudian, Purnomo memberinya jabatan baru sebagai Ketua Gugus Tugas Pengamanan Objek Vital Nasional ESDM.<ref>{{Cite web|title=H+2 Pelaksanaan WOC Suplai Listrik dan BBM Aman Serta Tidak Terjadi Pemadaman|url=https://www.esdm.go.id/id/media-center/arsip-berita/h-2-pelaksanaan-woc-suplai-listrik-dan-bbm-aman-serta-tidak-terjadi-pemadaman|website=ESDM|language=en|access-date=2023-02-03}}</ref><ref>{{Cite web|title=Menjelang Pelaksanaan WOC Suplai Listrik dan BBM Aman|url=https://www.esdm.go.id/id/media-center/arsip-berita/menjelang-pelaksanaan-woc-suplai-listrik-dan-bbm-aman|website=ESDM|language=en|access-date=2023-02-03}}</ref> Mudakir wafat pada tanggal 16 Oktober 2013 dan dimakamkan di [[Taman Makam Pahlawan Cikutra]].<ref>{{Cite web|date=12 Agustus 2022|title=PENGHORMATAN KEPADA PARA PENDAHULU BANGSA, KEMENKUMHAM JABAR LAKSANAKAN UPACARA TABUR BUNGA JELANG HDKD KE 77|url=https://jabar.kemenkumham.go.id/berita-kanwil/berita-utama/penghormatan-kepada-para-pendahulu-bangsa-kemenkumham-jabar-laksanakan-upacara-tabur-bunga-jelang-hdkd-ke-77|website=Kantor Wilayah Jawa Barat Kemenkumham|access-date=3 Februari 2023}}</ref>
