Wikipedia

SARS-CoV-2

galur virus dalam famili Coronaviridae
Revisi sejak 1 Februari 2020 04.51 oleh RianHS (bicara | kontrib) (→Filogenetik dan taksonomi)

Virus korona baru, dilambangkan 2019-nCoV oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) (Hanzi: 2019新型冠狀病毒)[1][2] adalah salah satu anggota virus korona yang mengakibatkan infeksi pernapasan. Virus ini pertama kali diidentifikasi di Kota Wuhan, Tiongkok dan menyebabkan wabah koronavirus baru 2019–2020. Virus ini juga dikenal sebagai virus korona wuhan (Hanzi sederhana: 武汉冠状病毒; Hanzi tradisional: 武漢冠狀病毒), dan virus pneumonia pasar makanan laut wuhan (Wuhan seafood market pneumonia virus).[3]

SARS-CoV-2
Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus Edit nilai pada Wikidata

Ilustrasi virus 2019-nCoV yang dibuat oleh Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit (CDC).
Model potongan lintas seksional 2019 nCoV yang menunjukkan komponen virus
Rekaman
Edit nilai pada Wikidata
Komposisi genom virus ICTVpositive-sense single-stranded RNA virus (en) Terjemahkan Edit nilai pada Wikidata
Penemu atau penciptaZhang Jixian Edit nilai pada Wikidata
PenyakitPandemi koronavirus 2019–2020 dan Covid-19 Edit nilai pada Wikidata
Jumlah genom29.903 Edit nilai pada Wikidata
Taksonomi
KerajaanOrthornavirae
FilumPisuviricota
KelasPisoniviricetes
OrdoNidovirales
FamiliCoronaviridae
GenusBetacoronavirus
SpesiesSevere acute respiratory syndrome-related coronavirus Edit nilai pada Wikidata
Tata nama
Dinamakan berdasarkanSARS-CoV Edit nilai pada Wikidata
Sinonim takson
  • Koronavirus Wuhan
  • Virus pneumonia pasar makanan laut Wuhan
SARS-CoV-2 di Tiongkok
SARS-CoV-2

Wuhan, Tiongkok, lokasi terjadinya wabah virus
Wikisumber memiliki naskah asli yang berkaitan dengan artikel ini:

Genom virus ini telah diurutkan.[4][5][6] Perbandingan urutan genetik antara virus ini dan sampel virus lain menunjukkan tingkat kesamaan dengan SARS-CoV sebesar 79,5% dan dengan virus korona kelelawar sebesar 96%.[7] Beberapa teori menyimpulkan bahwa virus ini berasal dari kelelawar.[8][9][10]

Penyakit

Epidemiologi

Artikel utama: Wabah koronavirus baru 2019–2020

Penyakit akibat infeksi 2019-nCoV pada manusia pertama kali terjadi pada awal Desember 2019. Pendekatan jam molekuler menyatakan waktu infeksi yang serupa atau sedikit lebih awal.[11] Wabah penyakit pertama kali terdeteksi di Kota Wuhan, Provinsi Hubei, Tiongkok pada pertengahan Desember 2019. Virus ini kemudian menyebar ke Thailand (Bangkok); Jepang (Tokyo); Korea Selatan (Seoul); provinsi lain di Tiongkok Daratan; Hong Kong;[12] Taiwan (Taoyuan); dan kemudian ke dunia internasional. Korban jiwa berjumlah 259 orang yang sebagian besar berada di Wuhan dan sekitarnya, dengan 11.948 kasus per 1 Februari 2020.[13]

Pada 30 Januari 2020, wabah akibat 2019-nCoV ditetapkan sebagai darurat kesehatan global oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO).[14][15] WHO menciptakan istilah sementara "penyakit pernapasan akut 2019-nCoV" untuk menggambarkan penyakit yang disebabkan oleh virus tersebut.[16]

Penularan

Penularan dari manusia ke manusia dikonfirmasi di Guangdong, Tiongkok.[17] Beberapa laporan menyatakan bahwa virus telah bersifat infeksius bahkan ketika dalam masa inkubasi.[18][19]

Para ilmuwan telah meneliti angka reproduksi dasar (R0) yang dimiliki virus ini. Dalam epidemiologi, angka ini menunjukkan jumlah infeksi baru yang diakibatkan oleh setiap orang yang terinfeksi. Salah satu penelitian menyatakan bahwa setiap orang yang terinfeksi menyebarkan virus ke antara 3 hingga 5 orang.[20] Penelitian lain memperkirakan R0 sebesar 1,4 hingga 3,8.[21] Selain itu, virus ini diketahui mampu menular dalam rantai infeksi sebanyak empat orang.[22]

Pengobatan

Saat ini tidak ada pengobatan khusus untuk 2019-nCoV sehingga perawatan difokuskan pada pengurangan gejala.[23] Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit Tiongkok (CDC Tiongkok) sedang menguji prosedur perawatan pneumonia yang telah ada untuk diterapkan pada pneumonia akibat virus korona.[24]

Penggunaan obat antivirus yang ada sedang diteliti,[23] termasuk protease inhibitor seperti indinavir, saquinavir, remdesivir, lopinavir/ritonavir dan interferon beta.[25][26] Efektivitas antibodi monoklonal yang telah diidentifikasi juga sedang diselidiki.[27]

Virologi

Reservoir

Pada 22 Januari 2020, Journal of Medical Virology menerbitkan laporan analisis genom yang menjelaskan bahwa ular di wilayah Wuhan adalah "reservoir hewan liar yang paling mungkin" untuk virus ini, tetapi diperlukan lebih banyak penelitian.[28][29] Rekombinasi homolog mungkin menyebabkan peristiwa ini.[30][31] Beberapa ilmuwan percaya bahwa penyakit ini berasal dari Bungarus multicinctus, ular yang sangat berbisa yang dijual di pasar Wuhan.[32] Berita di Nature mengkritik artikel Journal of Medical Virology dengan menyatakan bahwa ular sangat tidak mungkin menjadi reservoir, dan lebih cenderung pada mamalia.[33] Banyak virolog juga sangat meragukan peranan ular sebagai inang perantara.[34]

Selama 17 tahun penelitian tentang asal-usul epidemi SARS 2003, banyak virus korona kelelawar yang menyerupai SARS (SARS-like) diisolasi dan diurutkan, kebanyakan dari mereka berasal dari genus Rhinolophus. Dengan genom yang cukup, rekonstruksi pohon filogenetik untuk mengetahui sejarah mutasi virus korona dapat dilakukan.

Virus korona baru ini (2019-nCoV) berada dalam kategori virus korona yang menyerupai SARS. Dua urutan genom dari Rhinolophus sinicus dengan kemiripan 80% telah dipublikasikan pada tahun 2015 dan 2017.[8][9] Sementara itu, artikel pracetak di jurnal bioRxiv yang ditulis oleh peneliti dari Institut Virologi Wuhan, Rumah Sakit Jinyintan Wuhan, Universitas Akademi Sains Tiongkok, dan CDC Provinsi Hubei menyatakan bahwa virus korona ini kemungkinan berasal dari kelelawar, karena analisis mereka menunjukkan bahwa nCoV-2019 memiliki kemiripan 96% dengan koronavirus kelelawar yang diisolasi dari kelelawar Rhinolophus affinis.[35] Sebagai perbandingan, jumlah mutasi ini mirip dengan jumlah mutasi yang diamati selama 10 tahun pada flu manusia H3N2.[36]

Hewan yang dijual sebagai makanan dicurigai sebagai reservoir atau perantara virus karena banyak dari individu yang terinfeksi pertama kali adalah pekerja di Pasar Makanan Laut Huanan. Akibatnya, mereka terpapar kontak yang lebih besar dengan hewan.[37]

Filogenetik dan taksonomi

Informasi genomik
 
Susunan genom (klik untuk memperbesar)
ID genom NCBIMN908947
Jumlah genom29.903 pasangan basa
Tahun penyelesaian2020

Virus 2019-nCoV tergolong dalam genus Betacoronavirus (Beta-CoV) dalam keluarga Coronaviridae. Penyakit yang disebabkan Coronaviridae dapat berkisar dari pilek biasa hingga penyakit yang lebih parah seperti sindrom pernapasan Timur Tengah (MERS) dan sindrom pernapasan akut berat (SARS). Virus korona adalah keluarga virus yang luas, tetapi hanya enam virus (229E, NL63, OC43, HKU1, MERS-CoV, dan SARS-CoV) yang sebelumnya diketahui menginfeksi manusia; 2019-nCoV merupakan jenis ketujuh yang menginfeksi manusia.

Urutan genom betacoronavirus Wuhan menunjukkan kesamaan dengan betacoronavirus yang ditemukan pada kelelawar. Namun, virus ini secara genetik berbeda dari coronavirus lain seperti coronavirus terkait SARS dan MERS.[6] Genus betacoronavirus terdiri atas empat garis keturunan (subgenus), 2019-nCoV bersama dengan SARS-CoV digolongkan dalam garis keturunan B (subgenus Sarbecovirus).[37][38][39]

Sejumlah genom virus korona baru ini telah diisolasi dan dilaporkan termasuk BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-01/2019, BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-04/2020, BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-05/2019, BetaCoV/Wuhan/WIV04/2019, dan BetaCoV/Wuhan/IPBCAMS-WH-01/2019 dari CDC Tiongkok, Institut Biologi Patogen, dan Rumah Sakit Jinyintan Wuhan.[6][40][41] Panjang urutan RNA yang dimilikinya sekitar 30 kbp.[6] Model struktural komparatif dari protease koronavirus 2019-nCoV disediakan oleh Innophore GmbH, dengan beberapa percobaan obat melawan inhibitor protease virus telah dilakukan.[42] Analisis filogenetik untuk sampel disediakan oleh Nextstrain.[43]

Struktur biologi

 
Diagram pita Innophore Phyre2 dari Protease 2019-nCoV, target prospektif untuk obat antivirus[44]

Publikasi genom memberi jalan pada beberapa pemodelan protein untuk protein pengikat reseptor (RBD), yaitu protein spike (S). Protein S diketahui mempertahankan afinitas yang cukup terhadap reseptor enzim pengubah angiotensin 2 (ACE2) dan menggunakannya untuk masuk ke dalam sel.[45] Pada 22 Januari, dua kelompok yang berbeda (satu di Tiongkok yang bekerja dengan virus lengkap dan satu di AS yang bekerja dengan genetik balik) secara independen menunjukkan peranan ACE2 sebagai reseptor untuk 2019-nCoV.[46][47][48]

Untuk mencari protease inhibitor yang potensial, enzim endopeptidase C30 dari poliprotein rangka baca terbuka 1a (Orf1a) juga dimodelkan untuk percobaan docking obat. Innophore telah menghasilkan dua model komputasi berdasarkan protease SARS,[44] dan Akademi Ilmu Pengetahuan Tiongkok telah menghasilkan struktur eksperimental rekombinan protease 2019-nCoV yang belum dipublikasikan [49]

Pengembangan vaksin

Pada bulan Januari 2020, beberapa organisasi dan lembaga mulai bekerja untuk membuat vaksin untuk virus korona Wuhan berdasarkan genom yang dipublikasikan.[50][51] Di Tiongkok, CDC Tiongkok sedang mengembangkan vaksin untuk virus 2019-nCoV.[52][53]

Tiga proyek vaksin sedang didukung oleh Koalisi Inovasi Kesiapsiagaan Epidemi (CEPI), termasuk satu proyek perusahaan bioteknologi Moderna dan proyek lainnya oleh Universitas Queensland Australia.[54] Institut Kesehatan Nasional Amerika Serikat (NIH) bekerja sama dengan Moderna untuk membuat vaksin RNA yang cocok dengan protein permukaan (protein spike) virus korona, yang diharapkan untuk memulai produksi pada Mei 2020.[50] Di Australia, Universitas Queensland sedang menyelidiki potensi vaksin penjepit molekuler yang secara genetik akan memodifikasi protein virus untuk membuatnya meniru virus korona dan merangsang reaksi kekebalan.[54]

Dalam proyek independen, Agensi Kesehatan Masyarakat Kanada telah mengizinkan Organisasi Vaksin dan Penyakit Menular-Pusat Vaksin Internasional (VIDO-InterVac) di Universitas Saskatchewan untuk mulai mengembangkan vaksin.[55] VIDO-InterVac menargetkan produksi vaksin dan pengujian terhadap hewan pada Maret 2020, dan pengujian terhadap manusia pada 2021.[51]

Referensi

  1. ^ "Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV)". who.int. Diakses tanggal 21 Januari 2020. 
  2. ^ "Novel coronavirus (2019-nCoV), Wuhan, China". cdc.gov. cdc.gov. 10 Januari 2020. Diakses tanggal 16 Januari 2020. 
  3. ^ Zhang, Y.-Z.; et al. (12 Januari 2020). "Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome". GenBank. Bethesda MD. Diakses tanggal 13 Januari 2020. 
  4. ^ "中国疾病预防控制中心". chinacdc.cn. Diakses tanggal 9 Januari 2020. 
  5. ^ "New-type coronavirus causes pneumonia in Wuhan: expert". Xinhua. Diakses tanggal 9 Januari 2020. 
  6. ^ a b c d "CoV2020". platform.gisaid.org. Diakses tanggal 12 Januari 2020. 
  7. ^ http://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.22.914952v1.full.pdf
  8. ^ a b Sampel CoVZC45 and CoVZXC21, lihat visualisasi interaktif
  9. ^ a b "The 2019 new Coronavirus epidemic: evidence for virus evolution". doi:10.1101/2020.01.24.915157v1 (tidak aktif 2020-01-25). 
  10. ^ Callaway, Ewen; Cyranoski, David (2020-01-23). "Why snakes probably aren't spreading the new China virus". Nature (dalam bahasa Inggris). doi:10.1038/d41586-020-00180-8. 
  11. ^ Cohen, Jon (26 Januari 2020). "Wuhan seafood market may not be source of novel virus spreading globally". Science | AAAS (dalam bahasa Inggris). 
  12. ^ "China coronavirus: Hong Kong widens criteria for suspected cases after second patient confirmed, as MTR cancels Wuhan train ticket sales". South China Morning Post. 23 Januari 2020. Diakses tanggal 23 Januari 2020. 
  13. ^ 黃金棋陳倩婷李恩慈勞敏儀侯彩琳. "消息：香港首確診患者二次化驗陽性　轉送瑪嘉烈醫院" (dalam bahasa Tionghoa). DXY. Diakses tanggal 25 Januari 2020. 
  14. ^ "Virus corona: Wabah terus menyebar ke sejumlah negara di luar China, WHO nyatakan 'darurat kesehatan global'". BBC Indonesia. 30 Januari 2020. Diakses tanggal 31 Januari 2020. 
  15. ^ Dio Prasasti, Giovani (30 Januari 2020). "Resmi, WHO Nyatakan Wabah Virus Corona Darurat Kesehatan Global". Liputan6.com. Diakses tanggal 31 Januari 2020. 
  16. ^ Novel Coronavirus(2019-nCoV) Situation Report-10, 30 Januari 2020. Organisasi Kesehatan Dunia. Diakses tanggal 31 Januari 2020
  17. ^ "China confirms human-to-human transmission of new coronavirus". CBC News. 20 Januari 2020. Diakses tanggal 21 Januari 2020. 
  18. ^ "【武漢肺炎】衛健委︰新型冠狀病毒傳播力增強　潛伏期最短僅1天". 明報新聞網 (dalam bahasa CN). 
  19. ^ "专家：病毒潜伏期有传染性 有人传染同事后才发病". news.163.com (dalam bahasa CN). 26 Januari 2020. 
  20. ^ Zhao, Shi; Ran, Jinjun; Musa, Salihu Sabiu; Yang, Guangpu; Lou, Yijun; Gao, Daozhou; Yang, Lin; He, Daihai (2020-01-24). "Preliminary estimation of the basic reproduction number of novel coronavirus (2019-nCoV) in China, from 2019 to 2020: A data-driven analysis in the early phase of the outbreak". bioRxiv (dalam bahasa Inggris): 2020.01.23.916395. doi:10.1101/2020.01.23.916395. 
  21. ^ Liu, Tao; Hu, Jianxiong; Kang, Min; Lin, Lifeng; Zhong, Haojie; Xiao, Jianpeng; He, Guanhao; Song, Tie; Huang, Qiong; Rong, Zuhua; Deng, Aiping; Zeng, Weilin; Tan, Xiaohua; Zeng, Siqing; Zhu, Zhihua; Li, Jiansen; Wan, Donghua; Lu, Jing; Deng, Huihong; He, Jianfeng; Ma, Wenjun (2020-01-25). "Transmission dynamics of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV)". bioRxiv (dalam bahasa Inggris): 2020.01.25.919787. doi:10.1101/2020.01.25.919787. 
  22. ^ Saey, Tina Hesman (24 Januari 2020). "How the new coronavirus stacks up against SARS and MERS". Diarsipkan dari versi asli tanggal 25 Januari 2020. Diakses tanggal 25 Januari 2020. 
  23. ^ a b "WHO says new China coronavirus could spread, warns hospitals worldwide". Reuters. 14 Januari 2020. Diakses tanggal 21 Januari 2020. 
  24. ^ "China CDC developing novel coronavirus vaccine". Xinhua. 26 Januari 2020. 
  25. ^ Paules, Catharine I.; Marston, Hilary D.; Fauci, Anthony S. (23 Januari 2020). "Coronavirus Infections—More Than Just the Common Cold". JAMA. doi:10.1001/jama.2020.0757. PMID 31971553. 
  26. ^ "Gilead assessing Ebola drug as possible coronavirus treatment". Reuters. 23 Januari 2020. Diakses tanggal 28 Januari 2020. 
  27. ^ "Coronavirus: Vir Biotechnology and Novavax announce vaccine plans-GB". Diakses tanggal 28 Januari 2020. 
  28. ^ BBC: China coronavirus: Fear grips Wuhan as lockdown begins
  29. ^ CNN: Snakes could be the source of the Wuhan coronavirus outbreak
  30. ^ Ji, Wei; Wang, Wei; Zhao, Xiaofang; Zai, Junjie; Li, Xingguang (22 Januari 2020). "Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross‐species transmission from snake to human". Journal of Medical Virology. doi:10.1002/jmv.25682. PMID 31967321. 
  31. ^ Haitao Guo; Guangxiang "George" Luo; Shou-Jiang Gao (22 Januari 2020). "Snakes could be the original source of the new coronavirus outbreak in China". The Conversation. Diakses tanggal 22 Januari 2020. 
  32. ^ SCIMEX (23 Januari 2020). "EXPERT REACTION: Could new coronavirus have come from snakes?". Scimex. Diakses tanggal 23 Januari 2020. 
  33. ^ Ewen Callaway, David Cyranoski (23 Januari 2020). "Why snakes probably aren't spreading the new China virus". Nature. doi:10.1038/d41586-020-00180-8. 
  34. ^ https://www.wired.com/story/wuhan-coronavirus-snake-flu-theory/
  35. ^ Zhou, Peng; Yang, Xing-Lou; Wang, Xian-Guang; Hu, Ben; Zhang, Lei; Zhang, Wei; Si, Hao-Rui; Zhu, Yan; Li, Bei (23 Januari 2020). "Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin". BioRxiv. doi:10.1101/2020.01.22.914952. 
  36. ^ Nextstrain H3N2
  37. ^ a b Hui DS, I Azhar E, Madani TA, Ntoumi F, Kock R, Dar O, Ippolito G, Mchugh TD, Memish ZA, Drosten C, Zumla A, Petersen E. The continuing 2019-nCoV epidemic threat of novel coronaviruses to global health – The latest 2019 novel coronavirus outbreak in Wuhan, China. Int J Infect Dis. 2020 Jan 14;91:264–266. PMID 31953166 DOI:10.1016/j.ijid.2020.01.009  
  38. ^ Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau, Patrick C. Y. Woo: Global Epidemiology of Bat Coronaviruses, in: Viruses. 2019 Feb; 11(2): 174, doi:10.3390/v11020174
  39. ^ "Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses". nextstrain. Diakses tanggal 18 Januari 2020. 
  40. ^ "Initial genome release of novel coronavirus". Virological. 11 Januari 2020. Diakses tanggal 12 Januari 2020. 
  41. ^ "Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome". ncbi.nlm.nih.gov. 17 Januari 2020. 
  42. ^ Gruber, Christian; Steinkellner, Georg (23 Januari 2020). "Wuhan coronavirus 2019-nCoV - what we can find out on a structural bioinformatics level". Innophore Enzyme Discovery. Innophore GmbH. 
  43. ^ Bedford, Trevor; Neher, Richard. "Genomic epidemiology of novel coronavirus (nCoV) using data generated by Fudan University, China CDC, Chinese Academy of Medical Sciences, Chinese Academy of Sciences, Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention and the Thai National Institute of Health shared via GISAID". nextstrain.org. Diakses tanggal 26 Januari 2020. 
  44. ^ a b Gruber, Christian; Steinkellner, Georg (23 Januari 2020). "Wuhan coronavirus 2019-nCoV - what we can find out on a structural bioinformatics level". Innophore Enzyme Discovery. Innophore GmbH. 
  45. ^ "Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission". SCIENCE CHINA Life Sciences. doi:10.1007/s11427-020-1637-5 (tidak aktif 24 Januari 2020). Diakses tanggal 23 Januari 2020. 
  46. ^ Letko, Michael; Munster, Vincent (22 Januari 2020). "Functional assessment of cell entry and receptor usage for lineage B β-coronaviruses, including 2019-nCoV". BiorXiv. doi:10.1101/2020.01.22.915660. Diakses tanggal 28 Januari 2020. 
  47. ^ Zhou, Peng; Shi, Zheng-Li (2020). "Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin". BiorXiv. doi:10.1101/2020.01.22.914952. Diakses tanggal 24 Januari 2020. 
  48. ^ Gralinski, Lisa E.; Menachery, Vineet D. (2020). "Return of the Coronavirus: 2019-nCoV". Viruses. 12 (2): 135. doi:10.3390/v12020135. 
  49. ^ "上海药物所和上海科技大学联合发现一批可能对新型肺炎有治疗作用的老药和中药". Akademi Ilmu Pengetahuan Tiongkok. 25 Januari 2020. 
  50. ^ a b Steenhuysen, Julie; Kelland, Kate (25 Januari 2020). "With Wuhan virus genetic code in hand, scientists begin work on a vaccine". Thomson Reuters. Diakses tanggal 28 Januari 2020. 
  51. ^ a b "Saskatchewan lab joins global effort to develop coronavirus vaccine". Canadian Broadcasting Corporation (dalam bahasa Inggris). 24 Januari 2020. Diakses tanggal 26 Januari 2020. 
  52. ^ "China CDC developing novel coronavirus vaccine". Xinhua. 26 Januari 2020. Diakses tanggal 26 Januari 2020. 
  53. ^ "Chinese scientists race to develop vaccine as coronavirus death toll jumps". CNBC Indonesia. 26 Januari 2020. Diakses tanggal 26 Januari 2020. 
  54. ^ a b "Lessons from Sars outbreak help in race for coronavirus vaccine". The Guardian (dalam bahasa Inggris). 24 Januari 2020. Diakses tanggal 28 Januari 2020. 
  55. ^ "Saskatchewan lab joins global effort to develop coronavirus vaccine". ca.news.yahoo.com. 26 Januari 2020. 

Pranala luar

 
Wikimedia Commons memiliki media mengenai SARS-CoV-2.
 
Lihat entri Wuhan pneumonia di kamus bebas Wiktionary.
Diperoleh dari "https://wiki-indonesia.club/w/index.php?title=SARS-CoV-2&oldid=16505586"