Klub ini sebelumnya bernama Persatuan Sepak Bola Indonesia Samarinda (Persisam) yang merupakan eks tim Perserikatan dan Putra Samarinda dari Galatama. Pada 15 Februari 2015, Putra Samarinda diambil alih pengusaha asal Indonesia, Pieter Tanuri, setelah sebelumnya mengalami kesulitan finansial hingga akhirnya berpindah kandang ke Bali dan mengubah namanya menjadi Bali United FC.
Pada tanggal 17 Juni 2019, Bali United menjadi klub pertama yang memiliki saham go public di Asia Tenggara dan kedua di Asia.[4] Pada pembukaan perdagangan perdananya, harga saham perusahaan langsung melambung 69,14 persen ke level Rp.296 per saham dari nilai saham perdana Rp.175 per lembar. klub ini melepas 33,33% kepemilikannya dengan total 2 miliar unit saham. Dengan demikian, dana yang diraup oleh klub ini mencapai 350 miliar rupiah.[5]
Klub berdiri tahun 1989 dengan nama Putra Samarinda Football Club. Putra Samarinda berlaga di Galatama dan kemudian menjadi Liga Indonesia sejak kompetisi resmi itu bergulir musim 1994/1995.[6]
Merger dengan Persisam (2003-2014)
Putra Samarinda mengalami kesulitan finansial sejak mengikuti Liga Galatama dan Perserikatan digabung menjadi satu kompetisi. Pada tahun 2003, Putra Samarinda dan Persisam, Klub perserikatan yang didanai APBD Samarinda dimerger menjadi Persisam Putra Samarinda[7] dan menggunakan lisensi Putra Samarinda untuk berlaga di Liga Indonesia. Pada tahun 2008/2009, Persisam Putra Samarinda menjadi juara liga Divisi Utama Liga Indonesia 2008–09 dan dipromosikan ke Liga Super Indonesia.
Bali United (2014-)
Untuk menghindari klub dari pailit dan juga meningkatkan daya jual serta prestasi, Putra Samarinda (Pusam) diambil alih pengusaha asal indonesia, Pieter Tanuri yang kemudian mengubah nama klub menjadi Bali United F.C. dengan berdiri di bawah badan usaha PT Bali Bintang Sejahtera. Dengan demikian, tim yang berjuluk Pesut Mahakam itu pindah dari Stadion Palaran, Samarinda ke Stadion Kapten I Wayan Dipta, Gianyar, Bali. Perubahan nama tim yang merupakan salah satu peserta Liga 1 itu setelah menjalin kerja sama dengan salah satu produsen ban, Corsa Motor Cycle Tire (PT Multistrada). Komisaris Utama Pusam, Harbiansyah Hanafiah menerangkan, pihaknya bersedia mengubah nama dan bermarkas di Bali sekaligus menyerahkan kepemilikan Pusam, karena di Pulau Dewata itu belum ada tim sepak bola profesional yang berlaga di Liga 1. Menurut Harbiansyah, langkah mengubah nama dan bekerjasama dengan PT Multistrada itu untuk menyelamatkan Pusam dari kebangkrutan karena kurangnya dana baik dari sponsor maupun pendapatan tiket.[8]
Perubahan nama dan logo
Putra Samarinda (1989-2003)
Persisam Putra Samarinda (2003-2015)
Bali United (2015-sekarang)
Stadion
Bali United menggunakan Stadion I Wayan Dipta, Kabupaten Gianyar, Bali sebagai kandang mereka setelah kepindahannya dari Kota Samarinda. Sedangkan untuk tempat latihan menggunakan Lapangan Trisakti, Lapangan Banteng dan Lapangan Gelora Samudra.
Suporter
Bali United mempunyai banyak kelompok suporter, antara lain;
Semeton Dewata (Semesta, SD Bangli, SD Klungkung, Semeton bulldog, Kenwa Negaroa dan sub-sub lainnya) dengan warna kebanggaannya Merah-Putih-Hitam (tridatu), Memilih untuk mendukung dari tribun timur dan beberapa dari tribun barat (sayap dan VIP), ada juga suporter Lady Dewata untuk suporter perempuan.[9]
Brigaz Bali yang memilih mendukung dari tribun selatan,[10]
North Side Boys 12 yang mendukung dari tribun utara dan Basudewa Curva Sud mendukung dari tribun selatan.
Note: ^1 Putra Samarinda mundur; Semua pertandingan mereka dari babak kedua kejuaraan dibatalkan. ^2 Semua tim dalam grup ini masing-masing bermain 12 game, namun hasil yang tersisa tidak diketahui. Putra Samarinda lolos ke tahap kedua. ^3 Hasil yang tersisa tidak diketahui. Persisam Putra Samarinda tidak lolos ke tempat final maupun play-off ketiga. Tapi mereka dipromosikan. ^4 Putaran Knockout hanya statistik, tidak menghitung poinnya. ^5Indonesia Soccer Championship A merupakan kompetisi tidak resmi menggantikan Indonesia Super League yang sempat ditangguhkan.
^"Putra Samarinda FC" (dalam bahasa Indonesian). Diarsipkan dari versi asli tanggal 2014-12-18. Diakses tanggal 28 October 2014.Pemeliharaan CS1: Bahasa yang tidak diketahui (link)