Templat:Peta rute kereta api Jayabaya

Stasiun yang diberi tanda "Ls." berarti kereta api Jayabaya tidak menaikturunkan penumpang di stasiun tersebut

Ke Jakarta Kota / Tanjung Priok Stasiun Pasar Senen Ke Manggarai / Gambir / Jakarta Kota Ls. Stasiun Jatinegara Ls. Stasiun Bekasi Ls. Stasiun Tambun Ls. Stasiun Karawang Ls. Stasiun Cikampek Ke Bandung Ls. Stasiun Jatibarang Stasiun Cirebon Ls. Stasiun Cirebon Prujakan Ke Purwokerto Ls. Stasiun Brebes Batas Daop III CN - Daop IV SM Stasiun Tegal Ls. Stasiun Pemalang Stasiun Pekalongan Ls. Stasiun Weleri Stasiun Semarang Tawang Ls. Stasiun Brumbung Ke Gundih / Solo Stasiun Ngrombo Ke Gundih / Solo Ls. Stasiun Gambringan Stasiun Randublatung Stasiun Cepu Stasiun Bojonegoro Batas Daop IV SM - Daop VIII SB Ke Gresik Ls. Stasiun Kandangan Stasiun Surabaya Pasarturi tidak melewati Stasiun Surabaya Kota tidak melewati Stasiun Sidotopo Stasiun Surabaya Gubeng Ls. Stasiun Wonokromo Ke Kertosono lewat Mojokerto Stasiun Sidoarjo Ke Kertosono lewat Tulangan Stasiun Bangil Ke Jember Stasiun Lawang Stasiun Malang Ke Kertosono lewat Blitar