Era Reformasi

Era Pasca Soeharto atau Era Reformasi di Indonesia dimulai pada pertengahan 1998, tepatnya saat Presiden Soeharto mengundurkan diri pada 21 Mei 1998 dan digantikan wakil presiden BJ Habibie.

Latar belakang

Krisis finansial Asia yang menyebabkan ekonomi Indonesia melemah dan semakin besarnya ketidak puasan masyarakat Indonesia terhadap pemerintahan pimpinan Soeharto saat itu menyebabkan terjadinya demonstrasi besar-besaran yang dilakukan berbagai organ aksi mahasiswa di berbagai wilayah Indonesia.

Pemerintahan Soeharto semakin disorot setelah Tragedi Trisakti pada 12 Mei 1998 yang kemudian memicu Kerusuhan Mei 1998 sehari setelahnya. Gerakan mahasiswa pun meluas hampir diseluruh Indonesia. Di bawah tekanan yang besar dari dalam maupun luar negeri, Soeharto akhirnya memilih untuk mengundurkan diri dari jabatannya.

Garis waktu

1998

Krisis ekonomi dan Kerusuhan Mei 1998

• 22 Januari 1998
  • Rupiah tembus 17.000,- per dolar AS, IMF tidak menunjukkan rencana bantuannya.

• 12 Februari
  • Soeharto menunjuk Wiranto, menjadi Panglima Angkatan Bersenjata.

• 5 Maret
  • Dua puluh mahasiswa Universitas Indonesia mendatangi Gedung DPR/MPR untuk menyatakan penolakan terhadap pidato pertanggungjawaban presiden yang disampaikan pada Sidang Umum MPR dan menyerahkan agenda reformasi nasional. Mereka diterima Fraksi ABRI

• 10 Maret
  • Soeharto terpilih kembali untuk masa jabatan lima tahun yang ketujuh kali dengan menggandeng B.J. Habibie sebagai Wakil Presiden.

• 14 Maret
  • Soeharto mengumumkan kabinet baru yang dinamai Kabinet Pembangunan VII. Bob Hasan dan anak Soeharto, Siti Hardiyanti Rukmana, terpilih menjadi menteri.

• 15 April
  • Soeharto meminta mahasiswa mengakhiri protes dan kembali ke kampus karena sepanjang bulan ini mahasiswa dari berbagai perguruan tinggi swasta dan negeri melakukan berunjuk rasa menuntut dilakukannya reformasi politik

• 18 April
  • Menteri Pertahanan dan Keamanan/Panglima ABRI Jendral Purn. Wiranto dan 14 menteri Kabinet Pembangunan VII mengadakan dialog dengan mahasiswa di Pekan Raya Jakarta namun cukup banyak perwakilan mahasiswa dari berbagai perguruan tinggi yang menolak dialog tersebut.

• 1 Mei
  • Soeharto melalui Menteri Dalam Negeri Hartono dan Menteri Penerangan Alwi Dahlan mengatakan bahwa reformasi baru bisa dimulai tahun 2003.

• 2 Mei
  • Pernyataan itu diralat dan kemudian dinyatakan bahwa Soeharto mengatakan reformasi bisa dilakukan sejak sekarang (1998).
  • Mahasiswa di Medan, Bandung dan Yogyakarta menyambut kenaikan harga bahan bakar minyak dengan demonstrasi besar-besaran. Demonstrasi disikapi dengan represif oleh aparat. Di beberapa kampus terjadi bentrokan.

• 4 Mei
  • Harga BBM melonjak tajam hingga 71%, disusul tiga hari kerusuhan di Medan dengan korban sedikitnya 6 meninggal.

• 7 Mei
  • Peristiwa Cimanggis, bentrokan antara mahasiswa dan aparat keamanan terjadi di kampus Fakultas Teknik Universitas Jayabaya, Cimanggis, yang mengakibatkan sedikitnya 52 mahasiswa dibawa ke RS Tugu Ibu, Cimanggis. Dua di antaranya terkena tembakan di leher dan lengan kanan, sedangkan sisanya cedera akibat pentungan rotan dan mengalami iritasi mata akibat gas air mata.

• 8 Mei
  • Peristiwa Gejayan, 1 mahasiswa Yogyakarta tewas terbunuh.

• 9 Mei
  • Soeharto berangkat seminggu ke Mesir untuk menghadiri pertemuan KTT G-15. Ini merupakan lawatan terakhirnya keluar negeri sebagai Presiden RI.

• 12 Mei
  • Tragedi Trisakti, 4 mahasiswa Trisakti terbunuh.

• 13 Mei

Mal Ratu Luwes di Jl. S. Parman termasuk salah satu yang dibakar di Solo

• • Kerusuhan Mei 1998 pecah di Jakarta. kerusuhan juga terjadi di kota Solo.
  • Soeharto yang sedang menghadiri pertemuan negara-negara berkembang G-15 di Kairo, Mesir, memutuskan untuk kembali ke Indonesia. Sebelumnya, dalam pertemuan tatap muka dengan masyarakat Indonesia di Kairo, Soeharto menyatakan akan mengundurkan diri dari jabatannya sebagai presiden.
  • Etnis Tionghoa mulai eksodus meninggalkan Indonesia.

• 14 Mei
  • Demonstrasi terus bertambah besar hampir di semua kota di Indonesia, demonstran mengepung dan menduduki gedung-gedung DPRD di daerah.
  • Soeharto, seperti dikutip koran, mengatakan bersedia mengundurkan diri jika rakyat menginginkan. Ia mengatakan itu di depan masyarakat Indonesia di Kairo.
  • Kerusuhan di Jakarta berlanjut, ratusan orang meninggal dunia akibat kebakaran yang terjadi selama kerusuhan terjadi.

• 15 Mei
  • Selesai mengikuti KTT G-15, tanggal 15 Mei l998, Presiden Soeharto kembali ke tanah air dan mendarat di lapangan Bandar Udara Halim Perdanakusuma di Jakarta, subuh dini hari. Menjelang siang hari, Presiden Soeharto menerima Wakil Presiden B.J. Habibie dan sejumlah pejabat tinggi negara lainnya.

• 17 Mei
  • Menteri Pariwisata, Seni dan Budaya, Abdul Latief melakukan langkah mengejutkan pada Minggu, 17 Mei 1998. Ia mengajukan surat pengunduran diri kepada Presiden Soeharto dengan alasan masalah keluarga, terutama desakan anak-anaknya.

• 18 Mei
  • Pukul 15.20 WIB, Ketua MPR yang juga ketua Partai Golkar, Harmoko di Gedung DPR, yang dipenuhi ribuan mahasiswa, dengan suara tegas menyatakan, demi persatuan dan kesatuan bangsa, pimpinan DPR, baik Ketua maupun para Wakil Ketua, mengharapkan Presiden Soeharto mengundurkan diri secara arif dan bijaksana. Harmoko saat itu didampingi seluruh Wakil Ketua DPR, yakni Ismail Hasan Metareum, Syarwan Hamid, Abdul Gafur, dan Fatimah Achmad.
  • Pukul 21.30 WIB, empat orang menko (Menteri Koordinator) diterima Presiden Soeharto di Cendana untuk melaporkan perkembangan. Mereka juga berniat menggunakan kesempatan itu untuk menyarankan agar Kabinet Pembangunan VII dibubarkan saja, bukan di-reshuffle. Tujuannya, agar mereka yang tidak terpilih lagi dalam kabinet reformasi tidak terlalu "malu". Namun, niat itu tampaknya sudah diketahui oleh Presiden Soeharto. Ia langsung mengatakan, "Urusan kabinet adalah urusan saya." Akibatnya, usul agar kabinet dibubarkan tidak jadi disampaikan. Pembicaraan beralih pada soal-soal yang berkembang di masyarakat.
  • Pukul 23.00 WIB Menhankam/Panglima ABRI Jenderal TNI Wiranto mengemukakan, ABRI menganggap pernyataan pimpinan DPR agar Presiden Soeharto mengundurkan diri itu merupakan sikap dan pendapat individual, meskipun pernyataan itu disampaikan secara kolektif. Wiranto mengusulkan pembentukan "Dewan Reformasi".
  • Gelombang pertama mahasiswa dari FKSMJ dan Forum Kota memasuki halaman dan menginap di Gedung DPR/MPR.

Mahasiswa menduduki Gedung DPR/MPR

• 19 Mei
  • Pukul 09.00-11.32 WIB, Presiden Soeharto bertemu ulama dan tokoh masyarakat, yakni Ketua Umum PB Nahdlatul Ulama Abdurrahman Wahid, budayawan Emha Ainun Nadjib, Direktur Yayasan Paramadina Nucholish Madjid, Ketua Majelis Ulama Indonesia Ali Yafie, Prof Malik Fadjar (Muhammadiyah), Guru Besar Hukum Tata Negara dari Universitas Indonesia Yusril Ihza Mahendra, KH Cholil Baidowi (Muslimin Indonesia), Sumarsono (Muhammadiyah), serta Achmad Bagdja dan Ma'ruf Amin dari NU. Dalam pertemuan yang berlangsung selama hampir 2,5 jam (molor dari rencana semula yang hanya 30 menit) itu para tokoh membeberkan situasi terakhir, dimana eleman masyarakat dan mahasiswa tetap menginginkan Soeharto mundur. Soeharto lalu mengajukan pembentukan Komite Reformasi
  • Presiden Soeharto mengemukakan, akan segera mengadakan reshuffle Kabinet Pembangunan VII, dan sekaligus mengganti namanya menjadi Kabinet Reformasi. Presiden juga membentuk Komite Reformasi. Nurcholish sore hari mengungkapkan bahwa gagasan reshuffle kabinet dan membentuk Komite Reformasi itu murni dari Soeharto, dan bukan usulan mereka.
  • Pukul 16.30 WIB, Menko Ekuin Ginandjar Kartasasmita bersama Menperindag Mohamad Hasan melaporkan kepada Presiden soal kerusakan jaringan distribusi ekonomi akibat aksi penjarahan dan pembakaran. Bersama mereka juga ikut Menteri Pendayagunaan BUMN Tanri Abeng yang akan melaporkan soal rencana penjualan saham BUMN yang beberapa peminatnya menyatakan mundur. Pada saat itu, Menko Ekuin juga menyampaikan reaksi negatif para senior ekonomi; Emil Salim, Soebroto, Arifin Siregar, Moh Sadli, dan Frans Seda, atas rencana Soeharto membentuk Komite Reformasi dan me-reshuffle kabinet. Mereka intinya menyebut, tindakan itu mengulur-ulur waktu.
  • Ribuan mahasiswa menduduki Gedung DPR/MPR, Jakarta.
  • Amien Rais mengajak massa mendatangi Lapangan Monumen Nasional untuk memperingati Hari Kebangkitan Nasional.
  • Dilaporkan bentrokan terjadi dalam demonstrasi di Universitas Airlangga, Surabaya.

• 20 Mei
  • Amien Rais membatalkan rencana demonstrasi besar-besaran di Monas, setelah 80.000 tentara bersiaga di kawasan Monas.
  • 500.000 orang berdemonstrasi di Yogyakarta, termasuk Sultan Hamengkubuwono X. Demonstrasi besar lainnya juga terjadi di Surakarta, Medan, Bandung.
  • Harmoko mengatakan Soeharto sebaiknya mengundurkan diri pada Jumat, 22 Mei, atau DPR/MPR akan terpaksa memilih presiden baru
  • Pukul 14.30 WIB, 14 menteri bidang ekuin mengadakan pertemuan di Gedung Bappenas. Dua menteri lain, yakni Mohamad Hasan dan Menkeu Fuad Bawazier tidak hadir. Mereka sepakat tidak bersedia duduk dalam Komite Reformasi, ataupun Kabinet Reformasi hasil reshuffle. Semula ada keinginan untuk menyampaikan hasil pertemuan itu secara langsung kepada Presiden Soeharto, tetapi akhirnya diputuskan menyampaikannya lewat sepucuk surat. Alinea pertama surat itu, secara implisit meminta agar Soeharto mundur dari jabatannya. Perasaan ditinggalkan, terpukul, telah membuat Soeharto tidak mempunyai pilihan lain kecuali memutuskan untuk mundur. Ke-14 menteri itu adalah Akbar Tandjung, AM Hendropriyono, Ginandjar Kartasasmita, Giri Suseno, Haryanto Dhanutirto, Justika Baharsjah, Kuntoro Mangkusubroto, Rachmadi Bambang Sumadhijo, Rahardi Ramelan, Subiakto Tjakrawerdaya, Sanyoto Sastrowardoyo, Sumahadi, Theo L. Sambuaga dan Tanri Abeng.
  • Pukul 20.00 WIB, surat itu kemudian disampaikan kepada Kolonel Sumardjono. Surat itu kemudian disampaikan kepada Presiden Soeharto.
  • Soeharto kemudian bertemu dengan tiga mantan Wakil Presiden; Umar Wirahadikusumah, Sudharmono, dan Try Sutrisno.
  • Pukul 23.00 WIB, Soeharto memerintahkan ajudan untuk memanggil Yusril Ihza Mahendra, Mensesneg Saadillah Mursjid, dan Panglima ABRI Jenderal TNI Wiranto. Soeharto sudah berbulat hati menyerahkan kekuasaan kepada Wapres BJ Habibie.
  • Wiranto sampai tiga kali bolak-balik Cendana-Kantor Menhankam untuk menyikapi keputusan Soeharto. Wiranto perlu berbicara dengan para Kepala Staf Angkatan mengenai sikap yang akan diputuskan ABRI dalam menanggapi keputusan Soeharto untuk mundur. Setelah mencapai kesepakatan dengan Wiranto, Soeharto kemudian memanggil Habibie.
  • Pukul 23.20 WIB, Yusril Ihza Mahendra bertemu dengan Amien Rais. Dalam pertemuan itu, Yusril menyampaikan bahwa Soeharto bersedia mundur dari jabatannya. kata-kata yang disampaikan oleh Yusril itu, "The old man most probably has resigned". Yusril juga menginformasikan bahwa pengumumannya akan dilakukan Soeharto 21 Mei 1998 pukul 09.00 WIB. Kabar itu lalu disampaikan juga kepada Nurcholish Madjid, Emha Ainun Najib, Utomo Danandjaya, Syafii Ma'arif, Djohan Effendi, H Amidhan, dan yang lainnya. Lalu mereka segera mengadakan pertemuan di markas para tokoh reformasi damai di Jalan Indramayu 14 Jakarta Pusat, yang merupakan rumah dinas Dirjen Pembinaan Lembaga Islam, Departemen Agama, Malik Fadjar. Di sana Cak Nur - panggilan akrab Nurcholish Madjid - menyusun ketentuan-ketentuan yang harus disampaikan kepada pemerintahan baru.

Pernyataan pengunduran diri

• 21 Mei
  • Pukul 01.30 WIB, Ketua Umum Pengurus Pusat Muhammadiyah Amien Rais dan cendekiawan Nurcholish Madjid (almarhum) pagi dini hari menyatakan, "Selamat tinggal pemerintahan lama dan selamat datang pemerintahan baru".
  • Pukul 9.00 WIB, Soeharto mengumumkan pengunduran dirinya pada pukul 9.00 WIB. Soeharto kemudian mengucapkan terima kasih dan mohon maaf kepada seluruh rakyat dan meninggalkan halaman Istana Merdeka didampingi ajudannya, Kolonel (Kav) Issantoso dan Kolonel (Pol) Sutanto (kemudian menjadi Kepala Polri). Mercedes hitam yang ditumpanginya tak lagi bernomor polisi B-1, tetapi B 2044 AR.
  • Wakil Presiden B.J. Habibie menjadi presiden baru Indonesia.
  • Jenderal Wiranto mengatakan ABRI akan tetap melindungi presiden dan mantan-mantan presiden, "ABRI akan tetap menjaga keselamatan dan kehormatan para mantan presiden/mandataris MPR, termasuk mantan Presiden Soeharto beserta keluarga."
  • Terjadi perdebatan tentang proses transisi ini. Yusril Ihza Mahendra, salah satu yang pertama mengatakan bahwa proses pengalihan kekuasaan adalah sah dan konstitusional.

• 22 Mei
  • Habibie mengumumkan susunan "Kabinet Reformasi".
  • Letjen Prabowo Subiyanto dicopot dari jabatan Panglima Kostrad.
  • Di Gedung DPR/MPR, bentrokan hampir terjadi antara pendukung Habibie yang memakai simbol-simbol dan atribut keagamaan dengan mahasiswa yang masih bertahan di Gedung DPR/MPR. Mahasiswa menganggap bahwa Habibie masih tetap bagian dari Rezim Orde Baru. Tentara mengevakuasi mahasiswa dari Gedung DPR/MPR ke Universitas Atma Jaya

Pengangkatan Habibie sebagai Presiden

Sidang Istimewa MPR yang mengukuhkan Habibie sebagai Presiden, ditentang oleh gelombang demonstrasi dari puluhan ribu mahasiswa dan rakyat di Jakarta dan di kota-kota lain. Gelombang demonstrasi ini memuncak dalam peristiwa Tragedi Semanggi, yang menewaskan 18 orang.

Masa pemerintahan Habibie ditandai dengan dimulainya kerjasama dengan Dana Moneter Internasional untuk membantu dalam proses pemulihan ekonomi. Selain itu, Habibie juga melonggarkan pengawasan terhadap media massa dan kebebasan berekspresi.

Presiden BJ Habibie mengambil prakarsa untuk melakukan koreksi. Sejumlah tahanan politik dilepaskan. Sri Bintang Pamungkas dan Muchtar Pakpahan dibebaskan, tiga hari setelah Habibie menjabat. Tahanan politik dibebaskan secara bergelombang. Tetapi, Budiman Sudjatmiko dan beberapa petinggi Partai Rakyat Demokratik baru dibebaskan pada era Presiden Abdurrahman Wahid. Setelah Habibie membebaskan tahanan politik, tahanan politik baru muncul. Sejumlah aktivis mahasiswa diadili atas tuduhan menghina pemerintah atau menghina kepala negara. Desakan meminta pertanggungjawaban militer yang terjerat pelanggaran HAM tak bisa dilangsungkan karena kuatnya proteksi politik. Bahkan, sejumlah perwira militer yang oleh Mahkamah Militer Jakarta telah dihukum dan dipecat karena terlibat penculikan, kini telah kembali duduk dalam jabatan struktural.

Beberapa langkah perubahan diambil oleh Habibie, seperti liberalisasi parpol, pemberian kebebasan pers, kebebasan berpendapat, dan pencabutan UU Subversi. Walaupun begitu Habibie juga sempat tergoda meloloskan UU Penanggulangan Keadaan Bahaya, namun urung dilakukan karena besarnya tekanan politik dan kejadian Tragedi Semanggi II yang menewaskan mahasiswa UI, Yun Hap.

Kejadian penting dalam masa pemerintahan Habibie adalah keputusannya untuk mengizinkan Timor Timur untuk mengadakan referendum yang berakhir dengan berpisahnya wilayah tersebut dari Indonesia pada Oktober 1999. Keputusan tersebut terbukti tidak populer di mata masyarakat sehingga hingga kini pun masa pemerintahan Habibie sering dianggap sebagai salah satu masa kelam dalam sejarah Indonesia.

1999

• Kekerasan etnis/agama terjadi di Maluku

• Pemisahan Timor Timur menjadi negara merdeka melalui referendum yang disponsori oleh PBB; konflik antar pro-kemerdekaan dan pro-Indonesia menimbulkan banyak korban jiwa.

• Pemilu 1999 - Pemilihan umum yang bebas diselenggarakan di Indonesia

• Pengangkatan Abdurrahman Wahid sebagai Presiden

Pada pemilu yang diselenggarakan pada 1999 (lihat: Pemilu 1999), partai PDI-P pimpinan Megawati Soekarnoputri berhasil meraih suara terbanyak (sekitar 35%). Tetapi karena jabatan presiden masih dipilih oleh MPR saat itu, Megawati tidak secara langsung menjadi presiden. Abdurrahman Wahid, pemimpin PKB, partai dengan suara terbanyak kedua saat itu, terpilih kemudian sebagai presiden Indonesia ke-4. Megawati sendiri dipilih Gus Dur sebagai wakil presiden.

Masa pemerintahan Abdurrahman Wahid diwarnai dengan gerakan-gerakan separatisme yang makin berkembang di Aceh, Maluku dan Papua. Selain itu, banyak kebijakan Abdurrahman Wahid yang ditentang oleh MPR/DPR.

2000

• Skandal Buloggate dan Bruneigate menerpa pemerintahan Gus Dur

• Kasus pemeriksaan dugaan korupsi mantan presiden Soeharto kandas

• Papua Barat (yang dulu disebut dengan Irian Jaya) menuntut referendum seperti Timor Timur

April

• 17-21 April - Kerusuhan Poso babak yang kedua terjadi

Mei

• 16 Mei -15 Juni - Kerusuhan Poso masih terus berlanjut

Juli

• 19-23 Juli - Indonesia Terbuka 2000 diselenggarakan di Gelora Senayan, Jakarta. Indonesia memperoleh medali emas di tunggal dan ganda putra.

Agustus

• 1 Agustus - sebuah bom meledak di Kedubes Filipina di Jakarta. Bom meledak dari sebuah mobil yang diparkir di depan rumah Duta Besar Filipina, Menteng, Jakarta Pusat. 2 orang tewas dan 21 orang lainnya luka-luka, termasuk Duta Besar Filipina Leonides T Caday.
• 27 Agustus - sebuah bom lainnya meledak di Kedubes Malaysia di Jakarta. Granat meledak di kompleks Kedutaan Besar Malaysia di Kuningan, Jakarta. Tidak ada korban jiwa.

September

• 13 September - bom kembali mengguncang Jakarta. Kali ini lantai parkir P2 Gedung Bursa Efek Jakarta diledakkan oleh sebuah bom mobil yang mengakibatkan 10 orang tewas, 90 orang lainnya luka-luka. 104 mobil rusak berat, 57 rusak ringan. (Lihat pula: Bom Bursa Efek Jakarta)

Desember

• 24 Desember - serangkaian ledakan bom pada malam Natal di beberapa kota di Indonesia merenggut nyawa 16 jiwa dan melukai 96 lainnya serta mengakibatkan 37 mobil rusak. (Lihat pula Bom malam Natal 2000)

2001

• Kekerasan antar etnis Dayak dan Madura terjadi di Kalimantan

• IMF menghentikan bantuan moneternya

• Pada 29 Januari 2001, ribuan demonstran berkumpul di Gedung MPR dan meminta Gus Dur untuk mengundurkan diri dengan tuduhan korupsi dan ketidak kompetenan. Di bawah tekanan yang besar, Abdurrahman Wahid lalu mengumumkan pemindahan kekuasaan kepada wakil presiden Megawati Soekarnoputri. Sekitar pukul 20.48, Gus Dur keluar dari Istana Merdeka. Saat berdiri di ujung teras, Gus Dur malah sempat melambaikan tangan kepada massa pendukungnya yang berunjuk rasa. Hanya pohon yang ditebang kelompok pendukung Gus Dur sebagai pelampiasan emosi.

Juli - Pengangkatan Megawati Soekarnoputri sebagai Presiden

Melalui Sidang Istimewa MPR pada 23 Juli 2001, Megawati secara resmi diumumkan menjadi Presiden Indonesia ke-5.

Meski ekonomi Indonesia mengalami banyak perbaikan, seperti nilai mata tukar rupiah yang lebih stabil, namun Indonesia pada masa pemerintahannya tetap tidak menunjukkan perubahan yang berarti dalam bidang-bidang lain.

Popularitas Megawati yang awalnya tinggi di mata masyarakat Indonesia, menurun seiring dengan waktu. Hal ini ditambah dengan sikapnya yang jarang berkomunikasi dengan masyarakat sehingga mungkin membuatnya dianggap sebagai pemimpin yang 'dingin'.

Sejak kenaikan Megawati sebagai presiden, aktivitas terorisme di Indonesia meningkat tajam, beberapa peledakan bom terjadi yang menyebabkan sentimen negatif terhadap Indonesia dari kancah internasional.

• 23-29 Juli - Indonesia Terbuka 2001 digelar di Gelora Bung Karno, Jakarta, dan Indonesia berhasil menyapu bersih kelima medali emas.

September

• 23 September - 12 hari setelah 9/11, sebuah bom meledak di kawasan Plaza Atrium, Senen, Jakarta. 6 orang cedera.

Oktober

• 12 Oktober - sebuah ledakan bom mengakibatkan kaca, langit-langit, dan neon sebuah restoran cepat saji KFC di Makassar pecah. Tidak ada korban jiwa. Sebuah bom lainnya yang dipasang di kantor MLC Life cabang Makassar tidak meledak.

November

• 6 November - sebuah bom rakitan meledak di halaman Australian International School (AIS), Pejaten, Jakarta.

Desember

• 20 Desember - Kedua pihak dalam Konflik Poso menandatangani Keputusan Malino yang diprakarsai oleh Susilo Bambang Yudhoyono dan Jusuf Kalla, presiden dan wakil presiden terpilih pada 2004.
• 25 Desember - Kereta api 146 Empu Jaya menabrak Kereta api 153 Gaya Baru Malam Selatan di stasiun Ketanggungan Barat, Brebes. Peristiwa ini mengakibatkan 31 orang tewas dan 53 lainnya luka berat termasuk masinis dari KA 146.

2002

Januari

Pemerintah Indonesia meresmikan komisi pelanggaran HAM untuk memeriksa dugaan pelanggaran HAM pada pemisahan Timor Timur 1999

Irian Jaya diberi kekuasaan otonom oleh Jakarta dan diperbolehkan berganti nama menjadi Papua

• 1 Januari - sebuah granat manggis meledak di depan Rumah Makan Ayam Bulungan, Jakarta. Satu orang tewas dan seorang lainnya luka-luka. Di Palu, Sulawesi Tengah, terjadi empat ledakan bom di berbagai gereja. Tidak ada korban jiwa.

Mei

Timor Timur, bekas provinsi termuda Indonesia, resmi merdeka dengan nama Timor Leste

Juli

• 12 Juli - Puteri Indonesia 2002

Agustus

Amandemen UUD 1945 dianggap sebagai langkah konkrit menuju negara demokrasi. Untuk pertama kalinya rakyat Indonesia dapat memilih presiden secara langsung.

• 26 Agustus - 1 September - Indonesia Terbuka 2002 diselenggarakan di Surabaya. Indonesia memenangkan medali tunggal putra dan ganda campuran

Oktober - Bom Bali 2002

• 12 Oktober - Sebuah klub malam di daerah Pantai Kuta dibom, 202 orang yang mayoritas turis meninggal, 300 lebih luka-luka. Sebuah bom lainnya meledak di dekat konsul AS di Pantai Sanur yang tidak menimbulkan korban. Pada saat yang bersamaan, di Manado, Sulawesi Utara, bom rakitan juga meledak di kantor Konjen Filipina, tidak ada korban jiwa.

Sesaat setelah pengeboman Abu Bakar Baasyir ditangkap. Ia dituduh berniat untuk menggulingkan pemerintahan Indonesia dengan posisinya sebagai pemimpin spiritual Jamaah Islamiyah (JI), kelompok yang disangka berada di balik pengeboman Bali.

November

• 20 November - KMP Adidas bertabrakan dengan KMP Sinar Akaba di sekitar perairan Pulau Hari, Kabupaten Kendari, Sulawesi Tenggara, sekitar 25 mil arah tenggara pelabuhan Kendari. KMP Sinar Akaba tenggelam, seorang penumpang tewas dan lainnya luka parah.

Desember

Pemerintah Indonesia dan GAM menandatangani kesepakatan damai di Jenewa, Swiss, dengan tujuan untuk mengakhiri konflik bersenjata selama lebih dari 26 tahun. Kesepakatan itu menyetujui otonomi Aceh dan pemilihan umum yang bebas di provinsi yang hampir semuanya beragama Islam tersebut; sebagai balasannya GAM harus menyerahkan seluruh senjatanya.

• 5 Desember - bom rakitan yang dibungkus wadah pelat baja meledak di restoran McDonald's cepat saji di Makassar, setahun setelah pengeboman KFC di kota yang sama. 3 orang tewas dan 11 luka-luka.

2003

Februari

• 3 Februari - sebuah bom rakitan meledak di lobi Wisma Bhayangkari, Mabes Polri Jakarta. Tidak ada korban jiwa.

April

• 27 April - sebuah bom meledak di area publik di terminal 2F, bandar udara internasional Soekarno-Hatta, Cengkareng, Jakarta. 2 orang luka berat dan 8 lainnya luka sedang dan ringan.

Mei

• 19 Mei - Pembicaraan damai antara Pemerintah Indonesia dan GAM gagal; militer Indonesia melakukan serangan ofensif ke kubu gerilyawan GAM. Darurat militer diberlakukan di provinsi Aceh. (Lihat pula: Operasi militer Indonesia di Aceh 2003-2004)

Juli

• 25 Juli - Puteri Indonesia 2003

Agustus

• 5 Agustus - Sebuah bom mobil meledak di depan Mariott Hotel di Jakarta, menewaskan belasan orang dan 152 orang lainnya mengalami luka-luka. (Lihat pula: Bom JW Marriott 2003)
• 26-31 Agustus - Indonesia Terbuka 2003 diselenggarakan di Batam. Indonesia memperoleh medali emas di tunggal putra.

Agustus-Oktober

Tiga orang tersangka pengeboman Bali dinyatakan bersalah dan dijatuhi hukuman mati. Tersangka keempat dinyatakan bersalah dan dijatuhi hukuman seumur hidup.

Abu Bakar Baasyir dibebaskan dari tuduhan makar, namun kembali dipenjarakan dengan pasal subversif dan pelanggaran keimigrasian. Dakwaan subversif kemudian dibatalkan.

2004

Januari

• 10 Januari - sebuah bom meledak di sebuah kafe di Palopo, Sulawesi menewaskan empat orang.

April - Pemilihan Umum Anggota DPR, DPD, dan DPRD Indonesia 2004

Pemilihan umum parlementer dan daerah. Golkar memenangi suara terbanyak, disusul oleh PDI-P

Juli - Pemilihan Umum Presiden dan Wakil Presiden Republik Indonesia 2004

Indonesia menyelenggarakan pemilu presiden secara langsung pertamanya.

Megawati menyatakan pemerintahannya berhasil dalam memulihkan ekonomi Indonesia, dan pada 2004, maju ke Pemilu 2004 dengan harapan untuk terpilih kembali sebagai presiden.

Ujian berat dihadapi Megawati untuk membuktikan bahwa dirinya masih bisa diterima mayoritas penduduk Indonesia. Dalam kampanye, seorang calon dari partai baru bernama Partai Demokrat, Susilo Bambang Yudhoyono, muncul sebagai saingan Megawati.

Partai Demokrat yang sebelumnya kurang dikenal, menarik perhatian masyarakat dengan pimpinannya, Yudhoyono, yang karismatik dan menjanjikan perubahan kepada Indonesia. Pemilihan putaran pertama menyisihkan kandidat lainnya sehingga yang tersisa tinggal Megawati dan SBY.

September

• 9 September 2004, ledakan besar yang bersumber dari sebuah mobil yang diparkir terjadi di depan Kedutaan Besar Australia. 5-11 orang tewas dan ratusan lainnya luka-luka. Ledakan juga mengakibatkan kerusakan beberapa gedung di sekitarnya seperti Menara Plaza 89, Menara Grasia, dan Gedung BNI. (Lihat pula: Bom Kedubes Australia 2004)

Mantan jenderal SBY memenangi pemilihan presiden putaran kedua, sebagian disebabkan karena ketidakpercayaan pemilih terhadap Megawati.

Sejak kenaikan SBY menjadi presiden, Indonesia mengalami musibah bencana alam yang hebat dan kecelakaan-kecelakaan transportasi yang datangnya bertubi-tubi.

November

Akhir dari dua tahun kerja komisi HAM Timor Timur yang mengadili 18 orang dengan tuduhan pelanggaran HAM selama krisis Timor Timur 1999. Hanya satu orang yang diputuskan bersalah - pemimpin militia pro-Indonesia Eurico Guterres.

• 22 November - Susilo Bambang Yudhoyono meminta bantuan internasional sekitar 75 miliar USD untuk membangun infrastruktur di Indonesia, pada forum APEC di Chile
• 26 November - Terjadi gempa di Nabire, Papua. (Lihat pula: Gempa bumi Nabire 2004)
• 30 November - Terjadi kecelakan pesawat terbang Lion Air Penerbangan 538 di Solo yang menewaskan 26 orang. Keamanan penerbangan-penerbangan murah di Indonesia mulai disorot.

Desember

• 7 Desember - Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) menjebloskan Abdullah Puteh, Gubernur Nanggroe Aceh Darussalam, ke Rutan Salemba sebagai tersangka kasus korupsi pembelian 2 buah helikopter PLC Rostov jenis MI-2 senilai Rp.12,5 miliar.
• 10 Desember - SBY resmi memerangi korupsi di Indonesia dengan mengeluarkan ijin pemeriksaan 25 pejabat negara, diantaranya 2 gubernur KDH, 7 anggota DPR/MPR, 4 bupati KDH dan 2 walikota.
• 12 Desember - Dua gereja di Palu menjadi sasaran teror. Terjadi aksi penembakan di Gereja Anugerah Masomba dan terjadi ledakan bom di Gereja Immanuel. Dua kejadian tersebut terjadi hampir bersamaan, yaitu masing-masing pukul 19.05 dan 19.20 WITA. Tiga orang terluka dalam peristiwa ini.
• 13 Desember - Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) meminta data Kedubes RI di London tentang skandal pembelian 100 tank Scorpion senilai Rp 2,8 triliun (£ 160 juta) pada tahun 1992 - 1994 yang melibatkan Tutut, Rini Suwondho, dan dua petinggi militer Indonesia saat itu, HBL Mantiri dan R. Hartono.
• 15 Desember - Banjir di Amuntai, Kalimantan Selatan terus meluas. Jumlah korban mencapai seperempat jumlah penduduk Kab. Hulu Sungai Utara yaitu 200 ribu jiwa. Hingga saat ini tak ada laporan adanya korban jiwa, karena terseret banjir atau yang tersengat listrik.
• 15-19 Desember - Indonesia Terbuka 2004 diselenggarakan di Station Tenis Tertutup Senayan, Jakarta. Iindonesia berhasil memenangkan gelar tunggal dan ganda putra.
• 16 Desember - Hasil final penelitian Tim Terpadu Penanganan Pencemaran Teluk Buyat menyimpulkan Teluk Buyat, Ratatotok, Minahasa, tercemar logam berat, terutama merkuri dan arsenik yang berasal dari pembuangan tailing PT Newmont Minahasa Raya (NMR).
• 18 Desember - Sembilan bom ditemukan di bus Mekar Raya jurusan Garut-Cicaheum (Bandung). Bom-bom tersebut berbentuk tabung-tabung yang diletakkan di dalam kardus mi instan. Bus tersebut dihentikan oleh Polisi di bundaran Cibiru, Bandung setelah Polisi menerima laporan adanya benda mencurigakan dalam bus.
• 19 Desember - Pertamina secara serentak menaikkan harga Elpiji, Pertamax, dan Pertamax Plus.
• 20 Desember - Kalimantan Selatan dan Kalimantan Tengah dilanda kegelapan setelah delapan tower PLN bertegangan tinggi dirobohkan orang-orang tak dikenal.
• 20 Desember - Jusuf Kalla terpilih menjadi ketua umum partai Golkar menggantikan Akbar Tanjung.
• 21 Desember - Helikopter Bell 205 nomor registrasi HU-416 milik TNI AD mengalami musibah. Helikopter tersebut jatuh menabrak tebing di kawasan Sungai Siriwo, Kampung Okobado, Distrik Siriwo, Kab. Nabire, Papua. Akibatnya, lima awak dan penumpang tewas. Kecelakaan tersebut terjadi pada saat angin kencang.
• 24 Desember - Eurocopter Super Puma milik TNI AU mengalami musibah. Helikopter tersebut menabrak Bukit Perahu yang terletak di Desa Suran Gede, Kec. Kejajar, Kab. Wonosobo, Jawa Tengah. Akibatnya, lima awak dan penumpang langsung tewas di tempat kejadian. Kecelakaan diperkirakan terjadi akibat cuaca buruk.
• 26 Desember - Tsunami 2004 - Lebih dari 220 ribu jiwa di ujung utara pulau Sumatra, Indonesia, dinyatakan hilang atau meninggal setelah provinsi Aceh disapu oleh badai tsunami raksasa pada malam Natal 2004. Negara-negara di dunia menyalurkan bantuannya ke provinsi Indonesia yang dilanda konflik selama puluhan tahun tersebut, mengakhiri isolasi provinsi Aceh dari dunia internasional. Rekonstruksi masih terus dilakukan hingga saat ini. Bencana ini juga secara tidak langsung mengakhiri operasi militer Indonesia di Aceh yang berlangsung sejak Mei 2003 (lihat: Operasi militer Indonesia di Aceh 2003-2004)
• 29 Desember - Bank Indonesia mengeluarkan pecahan 20 ribu dan 100 ribu baru.

2005

Januari

• 6 Januari - Di Jakarta, Indonesia diadakan KTT (Konferensi Tingkat Tinggi) Tsunami yang dihadiri banyak pemimpin dunia seperti Menlu AS; Colin Powell, Sekjen PBB; Kofi Annan dan lain lain untuk membahas dampak dan menolong korban gempa bumi Samudra Hindia 2004.
• 13 Januari - Paris Club memberikan moratorium utang sebesar US$ 350 juta kepada Indonesia hingga penilaian perlunya moratorium dari Bank Dunia selesai.
• 24 Januari - Gempa berkekuatan 6,2 SR mengguncang Palu, Sulawesi Tengah. Rakyat langsung mengungsi karena takut kemungkinan adanya tsunami seperti yang terjadi di Aceh.

Februari

• 2 Februari - Gempa berkekuatan 5,2 SR di bagian selatan Kabupaten Garut merobohkan puluhan rumah dan merusak ratusan rumah lainnya. Tercatat juga adanya gempa susulan di Palu serta gempa di Pulau Bali dan Lombok.
• 7 Februari - Wabah demam berdarah dengue semakin meluas setelah Jakarta menyusul Jawa Barat dengan diberikannya status kejadian luar biasa (KLB) kepada kota ibukota tersebut.
• 16 Februari - Transparency International Indonesia mengumumkan Jakarta sebagai kota paling korup di Indonesia
• 18 Februari - Dua reporter Metro TV, wartawan Meutya Hafid dan juru kamera Budiyanto disandera ketika bertugas di Irak.
• 18 Februari - Presiden Susilo Bambang Yudhoyono melantik 3 Kepala Staf TNI yang baru.
• 19 Februari - Gempa bumi berkekuatan 6,9 skala Richter mengguncang Bau-Bau, Sulawesi Tenggara.
• 21 Februari - Longsor sampah Leuwigajah menimbulkan korban 94 orang, setidaknya 67 tewas tertimbun.
• 22 Februari - Pesawat Cassa 212-200 milik Polri jatuh di laut dekat Bandara Sarmi, Papua sehingga menewaskan 15 orang.

Maret

• 1 Maret - Meski ditolak DPR, harga BBM resmi naik rata-rata sebesar 29 persen kecuali untuk minyak tanah rumah tangga yang tetap Rp 700/liter.
• 3 Maret - Pengadilan Indonesia memutuskan Abu Bakar Baasyir bersalah dalam tuduhan konspirasi pengeboman Bali 2002, dan dihukum penjara dua setengah tahun. Ia kemudian dibebaskan Juni 2006, satu seperempat tahun kemudian.
• 13 Maret - Sebanyak 17 penumpang tewas dan sekitar 30 orang lainnya masih dalam pencarian, akibat gelombang "bono" yang menghantam speed boat "Tuakal" di Teluk Meranti, Riau.
• 18 Maret - Pollycarpus Budihari Priyanto, pilot Garuda Indonesia, resmi ditahan sebagai tersangka dalam kasus pembunuhan aktivis HAM, Munir.
• 21 Maret - Dua bom meledak di Ambon, Maluku, yang mengakibatkan 19 orang luka-luka.
• 23 Maret - Sedikitnya 28 warga di Kabupaten Aceh Utara menderita muntah darah dan sesak napas setelah menghirup gas milik Exxon Mobil Indonesia yang bocor.
• 28 Maret - Gempa di Sibolga, Sumatra Utara menewaskan lebih dari seribu orang, dengan jumlah korban terbesar dari Pulau Nias. Gempa tersebut menimbulkan kepanikan akan terjadinya tsunami seperti beberapa bulan sebelumnya. Tsunami tidak terjadi. (Lihat pula: Gempa bumi Sumatra Maret 2005)
• 28-31 Maret - Kongres II PDI-P berlangsung di Denpasar, Bali dan dijadwalkan berakhir tanggal 2 April. Megawati Soekarnoputri terpilih secara aklamasi untuk kembali memimpin PDI-P untuk periode 2005-2010. Kongres akhirnya ditutup dua hari lebih cepat.

April

• 2 April - Sebuah helikopter Australia berpenumpang 11 prajuritnya yang sedang melakukan tugas kemanusiaan jatuh di sekitar Teluk Dalam, Nias. 9 orang tewas dan dua lainnya selamat. Dua hari kemudian Presiden SBY menganugerahkan penghargaan Satya Lencana Bakti Sosial kepada 11 prajurit Australia tersebut di Canberra, Australia.
• 8 April - Insiden Penyerempetan Kapal RI dan Malaysia 2005 menyulut masalah Ambalat. Hingga kini status Ambalat masih dipertentangkan
• 11 April - Mantan Gubernur Aceh, Abdullah Puteh divonis hukuman 10 tahun penjara dan denda Rp 500 juta dalam kasus tuduhan korupsi.
• 12 April - Pesawat jenis Twin Otter yang berpenumpang 17 orang dinyatakan hilang dalam penerbangan dari Timika menuju Enarotali, Papua. Pesawat tersebut diduga jatuh di daerah pegunungan.
• 12 April - Gunung Talang yang berada di daerah Solok, Sumatera Barat meletus dan menyemburkan debu dan abu. Sekitar 27 ribu warga dievakuasi. Letusan tersebut disusul oleh lima letusan lanjutan yang salah satunya menyebabkan gempa bumi berkekuatan 5,2 skala Richter.
• 17 April - Sembilan orang dari berbagai negara yang disebut dengan Bali Nine ditangkap karena menyelundupkan heroin di Bali. Mereka dijatuhi hukuman mati dan seumur hidup pada tahun 2006.
• 21 April - terjadi insiden di perbatasan Timor Timur, Lettu Teddy Setiawan ditembak mati polisi perbatasan Timor Timur.
• 19-24 April - Konferensi Tingkat Tinggi Asia-Afrika 2005 dibuka oleh Presiden SBY di Bandung dan Jakarta. Konferensi ini dihadiri 89 kepala negara/pemerintahan dan mengulangi kesuksesan Indonesia menggelar acara yang serupa lima puluh tahun silam.

Mei

• 4 Mei - 10 tahun setelah dinyatakan bebas polio, penyakit ini kembali muncul di Indonesia. Hingga kini telah ada dua kasus yang dilaporkan.
• 12 Mei - Status "darurat sipil" di provinsi Nanggroe Aceh Darussalam akan diturunkan menjadi status "tertib sipil" terhitung mulai 18 Mei karena berbagai hal yang bersifat kedaruratan sudah tertangani.
• 20 Mei - Ketua Komisi Pemilihan Umum (KPU), Nazaruddin Sjamsuddin, dijadikan tersangka dalam kasus dugaan korupsi di KPU.
• 28 Mei - Dua ledakan bom mengguncang Pasar Sentral Tentena, Tentena, Poso, Sulawesi Tengah. Sedikitnya 20 orang tewas.
• 31 Mei - Pesawat Adam Air penerbangan Medan–Jakarta tergelincir di Bandara Soekarno-Hatta. Akibatnya 5 penumpang luka-luka.

Juni

• 1 Juni - Kedutaan Indonesia di Australia menerima kiriman surat yang diduga berisi antraks yang diduga terkait dengan putusan pengadilan Schapelle Corby, seorang penyelundup obat-obatan asal Australia yang tertangkap di Bali.
• 11 Juni - Bayi kembar siam Nia dan Mia mulai dioperasi di RS Cipto Mangunkusumo oleh sebuah tim dokter yang terdiri dari dua dokter anestesi dan enam dokter bedah. Walaupun kondisi dada dan perut menyatu, masing-masing bayi memiliki satu jantung yang hanya dipisahkan oleh selaput. Nia Ayu Lestari dan Mia Ayu Lestari lahir pada 22 Maret 2005 dari pasangan Nurlela dan Mulyadi.
• 16 Juni - Nurdin Halid, ketua PSSI, dinyatakan tidak bersalah oleh Majelis Hakim Pengadilan Negeri Jakarta Selatan, dalam kasus korupsi distribusi minyak goreng. Sementara tim Jaksa Penuntut Umum mengajukan kasasi kasus ini ke Mahkamah Agung.
• 17 Juni - Nia, atau dikenal dengan Nurlela II, salah seorang bayi kembar siam yang telah menjalani operasi pemisahan di RSCM, meninggal dunia karena kebocoran jantung.
• 17 Juni - Sembilan nelayan Indonesia kabur dari pelabuhan Nhulunbuy dengan menggunakan kapal nelayan mereka. Saat ini Australia telah mengirimkan pasukannya untuk mengejar mereka.
• 18 Juni - Kelangkaan BBM dalam dua hari terakhir menyebabkan sebagian besar SPBU di Malang, Jawa Timur, terpaksa tutup. Di Mataram, BBM juga langka karena keterlambatan pasokan dari Stasiun Manggis, Bali.
• 18 Juni - Yamin Labuso dan Erikson Hutagaol, dua dari tiga warga Indonesia yang diculik gerilyawan di wilayah Mindanao, Filipina, tiba di Indonesia. Namun Ahmad Resmiadi, warga Indonesia lainnya masih disandera para gerilyawan.
• 22 Juni - Tiga mantan direktur Bank Indonesia, yaitu Heru Supraptomo, Hendro Budiyanto, dan Paul Sutopo, akhirnya dijebloskan ke penjara setelah Mahkamah Agung memutuskan bahwa mereka bersalah dalam kasus korupsi BLBI. Dalam kasus yang merugikan negara lebih dari 2 trilyun ini, mereka bertiga hanya dihukum 1,5 tahun penjara.
• 23 Juni - Mantan Menteri Agama Republik Indonesia Said Agil Husin Al Munawar, resmi ditahan di Rumah Tahanan Mabes Polri dalam kasus penyelewengan Dana Alokasi Ummat (DAU) Departemen Agama.
• 24 Juni - Eksekusi hukuman cambuk, untuk pertama kalinya dilakukan terhadap 26 orang terpidana yang dijatuhi hukuman oleh Mahkamah Syar’iyah Bireuen berlangsung di depan publik di halaman Masjid Agung Bireuen, Aceh seusai salat Jumat yang melibatkan 12 eksekutor dari wilayatul hisbah atau polisi syariat.
• 24 Juni - Pemerintah Indonesia meminta agar para relawan asing tidak keluar malam di Aceh, setelah peristiwa tertembaknya Eva Yeung, salah seorang relawan dari Palang Merah dan Bulan Sabit Merah Internasional. Saat ini kondisi Eva Yeung telah membaik setelah dirawat di Rumah Sakit Mount Elizabeth, Singapura
• 25 Juni - Annike Nelce Bowaire, Siswi SMAN I Serui, meraih medali emas di lomba fisika dunia, The First Step to Nobel Prize in Physics (FS) yang berpusat di Warsawa, Polandia. Dia adalah orang kedua dari Papua yang memperoleh prestasi itu setelah Septinus George Saa di tahun 2004.
• 25 Juni - Mahkamah Agung Republik Indonesia mengeluarkan keputusan peninjauan kembali (PK) yang memperingan vonis Tommy Soeharto dari 15 menjadi 10 tahun penjara, sehingga diperkirakan Tommy Soeharto yang ditahan di Lembaga Permasyarakatan Batu, Nusakambangan bebas pada tahun 2007.
• 29 Juni - Menjelang pelaksanaan pilkada di Kabupaten Poso, sebuah bom meledak di tengah keramaian Pasar Sentral Poso. Ini adalah ledakan bom kedua dalam kurun kurang dari 24 jam setelah Selasa malam (28/6) sebuah bom meledak di teras bekas Kantor DPC PDIP Poso. Ledakan ini tidak mengakibatkan korban jiwa.
• 30 Juni - Pemerintah Indonesia tidak menaikkan harga bahan bakar minyak (BBM) meski harga minyak mentah di pasar internasional membubung tinggi. Pemerintah saat ini berkonsentrasi dalam mengamankan stok BBM di dalam Negeri.
• 30 Juni - Dua kereta rel listrik kelas ekonomi bertabrakan di kawasan Pasar Minggu, Jakarta. Sedikitnya dua orang meninggal dan 50 orang luka-luka.

Juli

• 2 Juli - Kepolisian Indonesia menahan lagi 24 orang yang diduga terlibat dalam Bom Bali 2002.
• 8 Juli - Kecelakaan KM Digoel di Laut Arafura. Diperkirakan korban 84 orang ditemukan tewas dan 100-an penumpang belum diketahui nasibnya.
• 10 Juli - Presiden Susilo Bambang Yudhoyono mengeluarkan Inpres No. 10/2005 tentang Penghematan Energi dalam upaya menyelesaikan krisis BBM.
• 17 Juli - Pemerintah Indonesia mencapai kesepakatan damai dengan kelompok separatis Aceh, Gerakan Aceh Merdeka.
• 20 Juli - Tiga warga Tangerang dipastikan sebagai korban pertama flu burung di Indonesia dalam wabah terbaru yang merebak di wilayah Asia Tenggara.
• 29 Juli - Pemilihan Puteri Indonesia 2005

Agustus

• 11 Agustus - Kebakaran hutan di Indonesia yang menyebabkan polusi udara di dua kota di Malaysia: Port Klang dan Kuala Selangor, mencapai level 500 yang berbahaya. Akibatnya sekolah-sekolah terpaksa diliburkan. Ini merupakan kejadian yang terburuk sejak 1998.
• 15 Agustus - Pemerintah Indonesia dan GAM kembali duduk di meja perundingan yang diketuai oleh Martti Ahtisaari. Setelah terjadinya Tsunami yang meluluh-lantakkan Aceh, GAM akhirnya setuju untuk menyerahkan seluruh senjatanya dan pemerintah Indonesia setuju untuk menarik seluruh tentara Indonesia, memberikan otonomi, dan pemilihan langsung boleh diselenggarakan. Perjanjian damai berhasil ditandatangani dan secara resmi mengakhiri gerakan separatis GAM.
• 16 Agustus - Pemerintah Belanda, melalui Menteri Luar Negeri Bernard Bot, mengakui kemerdekaan Indonesia pada 17 Agustus 1945.
• 18 Agustus - sehari setelah peringatan hari kemerdekaan RI, terjadi gangguan sistem interkoneksi listrik Jawa-Bali; listrik di Jakarta dan Banten mati total selama tiga jam dan menyebabkan pemadaman di sebagian Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, dan Bali. Mati listrik ini mempengaruhi jutaan pengguna, menyebabkan gangguan di bidang transportasi kereta, pesawat, rumah sakit, dan menyebabkan kebakaran karena penggunaan lilin. (Lihat pula: Mati listrik Jawa-Bali 2005)
• 20 Agustus - Presiden Susilo Bambang Yudhoyono memerintahkan badan intelijen nasional dan kepolisian untuk memeriksa mati listrik yang mempengaruhi 100 juta orang — terbesar di dunia — tersebut.
• 31 Agustus - Pemerintah Indonesia membebaskan 200 tahanan GAM, tindakan yang merupakan bagian dari ditandatanganinya persetujuan perdamaian.

September

• 2 September - Sebuah pekuburan di atas bukit di Padang longsor; 11 orang tewas dan 14 lainnya masih tertimbun.
• 5 September - Sebuah pesawat penumpang Mandala Airlines Penerbangan 91 mengalami kecelakaan di Medan, Sumatera Utara, menewaskan sekitar seratus penumpangnya dan lima puluh orang lainnya di darat. Gubernur Sumatra Utara, Rizal Nurdin dan mantan gubernur, Raja Inal Siregar dipastikan meninggal dunia.
• 13 September - Rois, tersangka pelaku Bom Kuningan, divonis hukuman mati oleh Pengadilan Negeri Jakarta Selatan.
• 15 September - Aceh Monitoring Mission (AMM) memulai tugasnya memantau proses damai di Aceh. GAM memulai penyerahan senjata tahap pertama sebagai bagian dari Nota Kesepahaman (MoU) perdamaian di Banda Aceh kepada tim dari AMM. Badan ini nantinya dibubarkan Desember 2006.
• 18 September - Polisi membubarkan pertemuan petani di Lombok; 27 orang petani ditembak (termasuk 1 anak-anak), 8 terkena pukulan dan 3 lainnya ditangkap oleh pihak kepolisian Lombok Tengah.
• 19-25 September - Indonesia Terbuka 2005 diselenggarakan di Gelora Bung Karno, Jakarta. Indonesia meraih medali emas untuk ganda putra dan campuran.
• 25 September - Persipura Jayapura untuk pertama kalinya menjuarai Liga Indonesia setelah mengalahkan Persija 3-2 di final. PSIS Semarang meraih tempat ketiga setelah mengalahkan PSMS Medan 2-1.
• 27 September - Di mana-mana terlihat antrian panjang di SPBU-SPBU oleh para pemakai kendaraan yang mengantisipasi kenaikan BBM pada 1 Oktober.

Oktober

• 1 Oktober - Bom Bali 2005 - hampir tiga tahun setelah Bom Bali pertama, tiga buah bom bunuh diri kembali meledak di Bali. Sekurang-kurangnya 22 orang tewas dan sekitar dua ratus lainnya luka-luka akibat ledakan yang terjadi di sebuah klub di Pantai Kuta dan di Jimbaran.
• 1 Oktober - Harga bahan bakar minyak (BBM) di seluruh Indonesia naik dengan persentase kenaikan paling kecil sekitar 80%.
• 19 Oktober - Banjir bandang di Semadam, Aceh Tenggara; sedikitnya 12 orang tewas.
• 29 Oktober - Tiga siswi SMU di Poso yang sedang berjalan ke sekolah Kristen dipenggal kepalanya oleh sekelompok orang tak dikenal, kekerasan ini merupakan bagian dari konflik beragama yang masih terus melanda Poso.
• 31 Oktober - 42 anggota Majelis Rakyat Papua (MRP) dilantik oleh Menteri Dalam Negeri Mohammad Ma'ruf setelah menanti selama empat tahun sejak 2001-2005 ketika Undang-Undang Otonomi Khusus diberlakukan.

November

• 9 November - Polri melakukan penyergapan di sebuah vila di Kota Batu; Dr. Azahari, buronan teroris dari Malaysia, dipastikan tewas setelah diidentifikasi lewat sidik jarinya.
• 13 November - Peringatan Tujuh Tahun Tragedi Semanggi I diadakan di Sekretariat Jaringan Solidaritas Keluarga Korban Pelanggaran HAM (JSKK).
• 25 November - Pemerintah Indonesia diizinkan oleh Roche Holding untuk memroduksi Tamiflu untuk menghadapi flu burung. Hal ini dapat dilakukan karena Tamiflu tidak memiliki perlindungan paten di Indonesia.

Desember

• 5 Desember - Presiden Susilo Bambang Yudhoyono mengumumkan perombakan pada Kabinet Indonesia Bersatu. Tiga menteri digeser posisinya, tiga dicopot, sementara tiga lainnya adalah orang baru.
• 9 Desember - Sebanyak 55 orang dilaporkan meninggal dunia dalam peristiwa kelaparan di Kabupaten Yahukimo, Papua, yang telah berlangsung sejak 11 November.
• 13-18 Desember - Aksi protes menyambut pembukaan Konferensi Tingkat Menteri WTO yang berlangsung di Hong Kong.
• 26 Desember - Peringatan satu tahun bencana tsunami yang telah menewaskan lebih dari 120 ribu jiwa di Indonesia, Thailand, Sri Lanka, Malaysia dan negara lainnya.
• 28 Desember - Mantan kepala BKPM, Theo Toemion ditahan KPK karena dugaan tindak pidana korupsi saat menjabat periode 2003-2004 yang merugikan negara sebesar 32 miliar rupiah.
• 31 Desember - Ledakan bom di pasar di Kota Palu menyebabkan 8 orang meninggal dunia dan melukai 45 lainnya. (Lihat pula: Bom Palu 2005)

2006

Januari

• 1 - Banjir bandang menewaskan 63 orang di Jember, Jawa Timur.
• 4 - Tanah longsor di dusun Cijeruk, Banjarnegara, Jawa Tengah menyebabkan tewasnya 76 orang. Bencana ini diakibatkan hujan yang turun deras dan penggundulan hutan yang tak teratur.
• 6 - terjadi insiden perbatasan Timor-Timur lagi, tiga penduduk NTT ditembak mati oleh polisi perbatasan Timor Timur.
• 16 - Sekitar 12.000 buruh yang berasal dari 10 kabupaten dan kota di Jawa Timur, mengepung Kantor Gubernur Jawa Timur. Mereka menuntut gubernur segera merevisi upah minimum kabupaten/kota tahun 2006.
• 17 - David Nusa Wijaya, terpidana kasus BLBI Bank Servitia yang menjadi buronan, ditangkap di AS dan dikembalikan ke Indonesia.
• 20 - Aparat keamanan Indonesia menembak mati seorang pelajar di Papua dan mencederai dua orang lainnya sementara laporan lainnya menyebut bahwa korban jiwa berjumlah empat orang. Peristiwa ini diduga terkait dengan pengungsian 43 warga Papua ke Australia dua hari sebelumnya.
• 20 - Timor Timur menyampaikan laporan pembantaian warganya oleh Indonesia dari 1975-1999 kepada PBB. Menurut laporan tersebut, lebih dari 100.000 orang meninggal dunia akibat kelaparan yang disengajai.
• 27 - Hujan deras sejak 26 Januari menyebabkan banjir dan tanah longsor melanda beberapa kota di jalur Pantura pulau Jawa. Jalur transportasi terputus akibat rusaknya beberapa jembatan. Seluruh penerbangan menuju Semarang dialihkan dan dibatalkan.
• 31 - KM Citra Mandala Bahari tenggelam di Selat Rote; sedikitnya 50 hilang dan 110 orang berhasil diselamatkan.

Februari

• 4 - Larangan merokok di tempat umum mulai diberlakukan di provinsi DKI Jakarta berdasarkan Peraturan Gubernur DKI Nomor 75 Tahun 2005.
• 7 - Said Agil, mantan Menteri Agama Indonesia, divonis 5 tahun penjara dalam kasus korupsi Dana Abadi Umat.
• 7 - Para peneliti mengumumkan penemuan puluhan spesies satwa dan tumbuhan baru di sekitar Pegunungan Foja, Papua.
• 11 - Adam Air dengan nomor penerbangan 728 mendarat darurat di Bandara Tambolaka, Nusa Tenggara Timur setelah mengalami kerusakan total sistem navigasi dan komunikasi selama tiga jam.
• 13-15 Februari - tujuh anggota Bali Nine divonis hukuman seumur hidup dan dua dijatuhi hukuman mati. Setelah melalui banding dan kasasi akhirnya tujuh dijatuhi hukuman mati dan dua seumur hidup
• 17 - Gerakan nasional toilet umum bersih dicanangkan Departemen Kebudayaan dan Pariwisata, dimulai dari Bandara Soekarno-Hatta Jakarta, Bandara Juanda Surabaya, dan Bandara Ngurah Rai Denpasar.
• 20 - Pengadilan Negeri Jakarta Selatan membebaskan terdakwa ECW Neloe, I Wayan Pugeg, dan M. Sholeh Tasripan dari tuntutan 20 tahun penjara terkait kasus korupsi Bank Mandiri yang merugikan negara Rp160 miliar.
• 21 - Banjirdan tanah longsor kembali melanda Kota Manado setelah sebelumnya telah terjadi pada tanggal 13 dab 19 Februari. Bencana tersebut telah menelan korban sedikitnya 31 orang.
• 21 - Terjadi bentrokan dan penembakan saat aparat TNI, Polisi, dan satpam PT Freeport Indonesia mengusir warga setempat yang melakukan pendulangan emas di kali Kabur Wanamon. Warga kemudian menduduki jalan masuk Freeport di Tembagapura, Papua.
• 22 - Mantan Kepala Badan Penyehatan Perbankan Nasional (BPPN) Syafruddin Temenggung ditetapkan Jaksa Penyidik di Kejaksaan Tinggi DKI untuk ditahan.
• 23 - Pengadilan Negeri Jakarta Selatan kembali membebaskan terdakwa kasus dugaan korupsi, yaitu pimpinan PT Cipta Graha Nusantara selaku debitor Bank Mandiri: Edyson (direktur utama), Saiful Anwar (komisaris utama), dan Diman Ponijan (direktur keuangan).
• 24 - Pemerintah DKI Jakarta memulai inspeksi dan pemusnahan unggas yang terindikasi terjangkit flu burung.
• 27 - Dalam Pekan Imunisasi Nasional (PIN) putaran IV, balita di 33 provinsi Indonesia divaksinasi cuma-cuma guna memberikan kekebalan terhadap virus polio liar.
• 27 - Arkeolog menemukan apa yang diyakini sebagai sisa-sisa peradaban yang hilang tersapu letusan gunung Tambora pada 10 April 1815. Penjelajah Belanda dan Inggris yang mengunjungi tempat itu pada awal 1800-an terkejut mendengar penduduk di sana menggunakan bahasa yang sangat berbeda dibandingkan dengan bahasa-bahasa lain di Nusantara.

Maret

• 3 - Atap kereta api penumpang nomor KA 907 jurusan Rangkasbitung, Banten menuju Jakarta runtuh saat memasuki Stasiun Kebayoran Lama. Puluhan penumpang terluka.
• 7 - Catatan tahunan Komisi Nasional Perempuan menunjukkan terjadinya peningkatan kekerasan terhadap perempuan dalam rumah tangga sepanjang 2005 sebanyak 82% dibanding tahun 2004.
• 8 - Hari Perempuan Internasional diperingati di berbagai kota di Indonesia dengan demonstrasi menolak diskriminasi, pemiskinan, dan RUU Anti Pornografi dan Pornoaksi
• 10 - Sebuah bom meledak di desa Toini, daerah transmigran, sekitar 30 km dari kota Poso, Sulawesi Tengah. Pelaku pengeboman di daerah itu selama ini belum terungkap.
• 16 - Tiga petugas polisi dan seorang intel TNI tewas, serta puluhan orang terluka akibat bentrokan terkait demonstrasi penolakan PT. Freeport Indonesia di depan Universitas Cendrawasih, Jayapura.
• 20 - Aktivitas di empat pelabuhan besar di Indonesia lumpuh selama 21 jam akibat aksi mogok kerja yang dilakukan anggota Organda Unit Angkutan Barang Khusus Pelabuhan untuk memprotes pengenaan PPN terhadap jasa angkutan darat di jalan dan air. Aksi ini akhirnya dihentikan setelah pemerintah memenuhi tuntutan para pemogok.
• 24 - Pemerintah Indonesia menarik duta besarnya di Australia sebagai protes atas keputusan Australia memberikan visa kepada 42 warga Papua. Tindakan ini diputuskan dalam rapat koordinasi polkam hari Jumat seperti dijelaskan Menkopolhukam Widodo A.S.

April

• 3 - Pasangan calon gubernur dan wakil gubernur Barnabas Suebu - Alex Hesegem ditetapkan sebagai peraih suara terbanyak dalam Pemilihan Kepala Daerah Papua. Barnabas-Alex meraih 354.000 suara, disusul oleh Lukas Enembe dengan 333.000 suara.
• 5 - Puluhan ribu buruh melakukan demonstrasi serentak di Jakarta dan kota-kota lain menolak revisi UU Ketenagakerjaan No 13/2003.
• 7 - Majalah Playboy versi Indonesia mulai beredar walaupun ditentang berbagai pihak.
• 9 - Indosiar merencanakan untuk menghentikan penayangan acara Republik BBM, setelah pertemuan para pimpinan stasiun TV dengan wapres Jusuf Kalla tanggal 7 April.
• 10 - Kota Padang dan sejumlah kota di Sumatera Barat diguncang gempa berkekuatan 5,5 Skala Richter. Diperkirakan pusat gempa berada 80 km barat laut dari Kota Padang, atau di sekitar epulauan Mentawai.
• 11 - WC kering ramah lingkungan yang dikembangkan Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia diperkenalkan di Jepara, Jawa Tengah. Teknologi tersebut diharapkan dapat menjadi solusi untuk daerah-daerah krisis air bersih di Indonesia.
• 12 - Gedung kantor redaksi Playboy Indonesia di Jakarta dilempari batu saat Front Pembela Islam berunjuk rasa menuntut penutupan majalah tersebut.
• 12 - Status gunung Merapi ditingkatkan menjadi status siaga. Kemungkinan besar gunung tersebut akan meletus.
• 15 - Dua kereta api tujuan Surabaya, yaitu KA Ekonomi Kertajaya dari Stasiun Pasar Senen dan KA Eksekutif Sembrani dari Stasiun Gambir bertabrakan dini hari, persis di Stasiun Gubug, Kabupaten Grobogan, Jawa Tengah. Korban tewas dilaporkan 13 orang.
• 17 - Perahu layar motor "Batista" tenggelam di perairan Rote, Nusa Tenggara Timur. Sebagian besar penumpang selamat dan hanya satu yang belum diketahui nasibnya.
• 18 - Aktivitas Merapi meninggi dengan guguran lava, gempa multifase, dan gempa vulkanik. Warga di sejumlah desa sekitarnya mulai berkemas sebagai persiapan evakuasi.
• 18 - KRL Ekspres Pakuan menabrak sebuah metromini di Kalibata, Jakarta Selatan. Tujuh penumpang Metromini tewas.
• 19 - Wahana Lingkungan Hidup Indonesia (Walhi) mengingatkan pemerintah bahwa salah satu hutan gambut terbesar di dunia yang ada di Kampar, Riau akan musnah apabila penebangan dan konversi lahan gambut menjadi Hutan Tanaman Industri terus berlangsung.
• 20 - Kapal utama Greenpeace, Rainbow Warrior, merapat di Jakarta setelah sebulan berlayar di perairan Indonesia dalam rangka patroli pelestarian hutan.
• 20 - Sedikitnya 16 orang tewas dalam banjir bandang dan tanah longsor di Kabupaten Trenggalek, Jawa Timur.
• 21 - Majelis banding Pengadilan Tinggi Jakarta tetap memvonis 14 tahun penjara Pollycarpus Budihari Priyanto, yang dinyatakan bersalah dalam kasus pembunuhan Munir.
• 22 - Ribuan orang turut serta dalam pawai budaya di Jakarta untuk menolak Rancangan Undang-Undang Antipornografi dan Pornoaksi. Pawai bertema "Bhinneka Tunggal Ika" ini dimeriahkan aksi budaya daerah-daerah di Indonesia.
• 28 - Kerusuhan terjadi di Dili, ibu kota Timor Timur. Sedikitnya dua orang terbunuh dan 28 orang luka-luka setelah ratusan mantan tentara dan pendukungnya mengamuk.
• 29 - Jam malam dan perintah tembak di tempat diberlakukan di Kabupaten Tuban, Jawa Timur, menyusul kerusuhan sebagai buntut pemilihan kepala daerah.
• 29 - Dua tersangka teroris dari kelompok Noordin M. Top tewas dalam tembak-menembak dengan polisi di desa Binangun, Kecamatan Kertek, Kabupaten Wonosobo. Dua orang lainnya tertangkap.

Mei

• 3 - Aksi buruh menuntut dibatalkannya revisi UU Nomor 13 Tahun 2003 tentang Ketenagakerjaan yang dilakukan di depan Gedung DPR/MPR berakhir dengan bentrokan yang terjadi dengan aparat kepolisian. Kemarahan terjadi akibat dari ketidakpuasan para buruh terhadap pernyataan yang dilontarkan oleh pemerintah.
• 5 - Sedikitnya terjadi empat kali guguran lava pijar di Gunung Merapi, Jumat (5/5) dinihari. Lava pijar menuju Kaliurang sejauh 200-an meter. Guguran lava mulai muncul di Gunung Merapi sejak tanggal 4
• 8 - Wakil Presiden Jusuf Kalla dilaporkan ke Kepolisian Metro Jakarta Raya hari ini. Pelapornya Pengurus Besar Himpunan Mahasiswa Islam-Majelis Penyelamat Organisasi (PB HMI – MPO) menuduh Jusuf Kalla memprovokasi buruh pada aksi 3 Mei lalu.
• 9 - Indonesia terpilih sebagai anggota Dewan Hak Asasi Manusia PBB, sebuah lembaga baru untuk menggantikan Komisi HAM PBB. Indonesia mendapatkan dukungan 165 negara dari 191 negara anggota PBB.
• 10 - Mahkamah Agung menolak peninjauan kembali kedua yang diajukan terpidana kerusuhan Poso, Fabianus Tibo, Dominggus da Silva, dan Marinus Riwu.
• 11 - Dua puluh satu elemen nasionalis yang tergabung dalam JPN melakukan aksi pawai budaya menolak disahkannya RUU APP. Aksi pawai dilakukan dengan menyusuri jalan Sudirman menuju gedung DPR, Senayan.
• 12 - Jaksa Agung Abdul Rahman Saleh mengeluarkan pernyataan tentang Surat Keputusan Penghentian Penuntutan (SKPP) perkara mantan Presiden Soeharto, yang isinya menghentikan penuntutan dugaan korupsi mantan Presiden Soeharto. SKPP itu dikeluarkan Kejaksaan Negeri Jakarta Selatan pada 11 Mei 2006.
• 12 - Peringatan sewindu Tragedi Trisakti, mahasiswa dari berbagai elemen melakukan demonstrasi menuju kediaman Soeharto di Jl.Cendana dan di depan gedung DPR/MPR.
• 12 - Kota Jakarta diguncang gempa. Getarannya dapat dirasakan di gedung-gedung tinggi di seputar Jakarta Pusat.
• 13 - Status gunung Merapi ditingkatkan menjadi status awas. Peningkatan status ini terjadi setelah muncul awan panas dari puncak gunung merapi.
• 14 - Sebelas penggali pasir yang terkubur hidup-hidup di desa Nyalindung, Cipatat, Kabupaten Bandung, ditemukan tewas.
• 16 - Agama Konghucu memperoleh pengakuan resmi di Malang, Jawa Timur ketika pemeluknya diizinkan mencantumkan agama mereka di KTP. *16 - Sebagai tanggapan terhadap rencana pemerintah untuk menutup kasus pengadilan mantan Presiden Soeharto, para aktivis prodemokrasi mendeklarasikan Gerakan Masyarakat Adili Soeharto di Kantor Kontras, Jakarta.
• 21 - Unjuk rasa terjadi di sejumlah daerah di Indonesia oleh sejumlah ormas Islam yang menuntut disahkannya RUU APP. Sementara di Bali terjadi unjuk rasa menolak RUU APP.
• 26 - Kondisi keamanan di Timor Timur yang sedang memburuk menyebabkan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono menginstruksikan penutupan sementara pintu perbatasan darat Timor Timur dengan Indonesia di Provinsi Nusa Tenggara Timur.
• 27 Mei - Gempa bumi hebat kembali terjadi di Indonesia, kali ini mengenai kawasan Yogyakarta dan sekitarnya di pulau Jawa dan mengakibatkan enam ribu orang lebih meninggal dunia. (Lihat pula: Gempa bumi Yogyakarta Mei 2006)
• Sejak 27 Mei - Lumpur Lapindo - Banjir lumpur panas melanda Sidoarjo hingga saat ini masih belum dapat ditanggulangi
• 30 - Gempa tektonik mengguncang Wamena, ibu kota Kabupaten Jayawijaya, Papua. Gempa yang berpusat pada 115 kilometer timur laut Wamena dan berada pada kedalaman laut 33 kilometer berkekuatan 6 Skala Richter (SR). Beberapa saat kemudian, kota Padang dan sejumlah kota di Sumatera Barat juga diguncang gempa berkekuatan sedang. Tidak ada korban jiwa dalam kedua gempa ini.
• 31 Mei - 4 Juni - Indonesia Terbuka 2006 diselenggarakan di Surabaya. Indonesia memenangkan emas di tunggal dan ganda putra

Juni

• 1 - Sebanyak 124 pohon di Kebun Raya Bogor yang banyak di antaranya berusia di atas seratus tahun tumbang akibat angin kencang dan badai yang melanda Bogor. Hujan badai juga menyebabkan lima belas rumah rusak berat (di antaranya rata dengan tanah), satu jembatan putus di Kelurahan Kebon Jahe, 54 rumah rusak ringan di Kelurahan Paledang, dan lima rumah rusak berat di Kelurahan Empang, serta belasan mobil rusak.
• 1 - Hujan abu vulkanik dari luncuran awan panas Gunung Merapi yang lebat, tiga hari belakangan ini terjadi di Kota Magelang dan Kabupaten Magelang, Jawa Tengah. Muntilan sekitar 14 kilometer dari Puncak Merapi, paling merasakan hujan abu ini.
• 4 - Aktivitas Gunung Merapi lampaui status awas. Kepala BPPTK DIY Ratdomo Purbo menjelaskan bahwa dua hari terakhir ini volume lava di kubah Merapi memenuhi seluruh kapasitas kubah merapi sehingga tambahan semburan lava terbaru akan langsung keluar dari kubah Merapi.
• 8 - Gunung Merapi menyemburkan awan panas yang membuat ribuan warga di wilayah lereng Gunung Merapi panik dan berusaha melarikan diri ke tempat aman. Semburan awan panas sejauh lima km lebih mengarah ke hulu Kali Gendol (lereng selatan) dan menghanguskan sebagian kawasan hutan di utara Kaliadem di wilayah Kabupaten Sleman.
• 12 - Dalam sidang putusan praperadilan Soeharto, Hakim Pengadilan Negeri Jakarta Selatan Andi Samsan Nganro menyatakan bahwa SKP3 Soeharto tidak sah menurut hukum dan tuntutan terhadap HM Soeharto tersebut dibuka dan dilanjutkan.
• 13 - Semburan lumpur panas di Kecamatan Porong, Sidoarjo, Jawa Timur, pada hari ke-14 semakin tidak terkendali dan belum ada tanda-tanda mereda. Lumpur panas telah merendam 45 hektar sawah dan tambak, pemukiman penduduk di tiga desa, tujuh pabrik, dan sebagian jalan tol. Penduduk semakin banyak yang mengungsi.
• 14 - Abu Bakar Ba'asyir, terpidana konspirasi serangan bom Bali 2002, selesai masa tahanannya dan dibebaskan dari LP Cipinang, Jakarta.
• 16 - Sidang kasus suap terhadap Mahkamah Agung dengan terdakwa Harini Wiyoso diwarnai aksi walk out salah seorang kuasa hukum terdakwa yang kecewa karena persidangan telah melewati masa 90 hari. Sebelumnya sidang sempat tertunda sebanyak enam kali karena ketua majelis tidak menyetujui pemanggilan saksi Bagir Manan.
• 20 - Banjir dan longsor melanda sejumlah kabupaten di Sulawesi Selatan. Genangan air, longsoran tebing, dan jembatan putus mengakibatkan beberapa kabupaten terisolasi. Dilaporkan sedikitnya 38 orang tewas, puluhan lainnya dinyatakan hilang.
• 29 - Setelah beberapa hari terakhir merendam dua ribu rumah di Kecamatan Katingan Tengah, banjir luapan Sungai Katingan di Kabupaten Katingan, Kalimantan Tengah, mengalir ke hilir, terutama ke Kecamatan Pulau Malan dan Tewang Sangalang Garing, dan mulai menggenangi ruas jalan trans-Kalimantan di Kereng Pangi Kilometer 10, Katingan Tengah, yang menghubungkan kota Palangkaraya dengan Sampit, Kabupaten Kotawaringin Timur.

Juli

• 11 - UU Kewarganegaraan dan UU Pemerintahan Aceh disetujui DPR.
• 13 - Tujuh orang tewas dan tiga orang luka berat akibat carok massal di Desa Bujur Tengah, Kecamatan Batumarmar, Kabupaten Pamekasan, Madura, Jawa Timur. Jumlah korban diduga masih akan bertambah, karena banyak korban yang melarikan diri meskipun dalam keadaan luka.
• 17 - Sebuah tsunami yang disebabkan oleh gempa bawah laut menewaskan lebih dari 668 orang, 287 hilang dan 74.100 orang lainnya kehilangan tempat tinggalnya di bagian selatan Jawa. (Lihat pula: Gempa bumi Jawa Juli 2006)
• 24 - Gempa bumi dengan kekuatan 6,6 SR menghantam selatan Gorontalo. Gempa tersebut tidak menimbulkan tsunami walaupun sempat diduga berpotensi sebaliknya oleh BMG.
• 26 - Stadion Menteng yang didirikan pada 1921 dan berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Jakarta Tahun 1975 telah ditetapkan sebagai salah satu kawasan cagar budaya yang harus dilindungi, dirobohkan oleh Pemerintah Provinsi DKI Jakarta.

Agustus

• 5 - Penyelenggaraan Miss Indonesia 2006
• 11 - Pada detik-detik terakhir menjelang pelaksanaan hukuman mati atas tiga tertuduh kasus Poso (Fabianus Tibo, Marinus Riwu dan Dominggus da Silva), pemerintah Indonesia mengeluarkan perintah penundaannya. Penundaan ini datang beberapa jam setelah Paus Benediktus XVI mengeluarkan imbauan khusus kepada Presiden Susilo Bambang Yudhoyono.
• 12 - Sebuah gempa susulan kembali menerpa Sibolga, Sumatera Utara, namun tidak menimbulkan korban jiwa.
• 25 - Penyelenggaraan Puteri Indonesia 2006

September

• 6 - Ledakan bom terjadi di Desa Tangkura, Kecamatan Poso Pesisir, Kabupaten Poso, Sulawesi Tengah, menewaskan seorang warga.
• 7 - Aktivis hak asasi manusia dan keluarga para korban pelanggaran HAM memperingati dua tahun kematian Munir, sekaligus peringatan Hari Pembela HAM Indonesia. Acara yang juga dihadiri utusan Amnesty International ini berlangsung di Tugu Proklamasi Jakarta.
• 8 - Indonesia menuntut akses kepada Hambali, yang disebut-sebut sebagai tangan kanan Osama bin Laden di kawasan itu, setelah mendapatkan konfirmasi dari Washington bahwa ia masih hidup dan dipindahkan ke Teluk Guantanamo, Kuba.
• 18 - Para ilmuwan dari Conservation International menemukan sejumlah spesies baru di perairan Irian Jaya Barat, di daerah Kepala Burung, antara lain ikan hiu yang berjalan dengan siripnya, dan udang yang tampak seperti belalang sembah. Tim itu juga memperingatkan bahwa binatang-binatang di daerah itu sangat terancam, karena nelayan menggunakan dinamit dan racun sianida untuk menangkap ikan.
• 20 - Pejabat-pejabat Indonesia mengatakan ribuan polisi dikerahkan di Poso dalam mengantisipasi berbagai kemungkinan sehubungan dengan rencana eksekusi terhadap Fabianus Tibo, Marinus Riwu, dan Dominggus da Silva yang dituduh bersalah dalam penyerangan kepada kelompok Muslim pada Mei 2000. Eksekusi akan dilaksanakan pada Jumat dini hari mendatang.
• 22 - Fabianus Tibo, Dominggus da Silva, dan Marinus Riwu dieksekusi mati sehubungan dengan kerusuhan Poso yang sarat dengan muatan politis. Eksekusi tersebut ditentang luas dan menimbulkan kontroversi di masyarakat.

Oktober

• 2 - Asap dan abu dari hutan-hutan yang dibakar di Indonesia menutupi bagian barat Indonesia, dan menyebabkan memburuknya kualitas udara di Singapura dan Malaysia.
• 4 - Mahkamah Agung menyatakan Pollycarpus Budihari Priyanto tidak terbukti melakukan pembunuhan berencana terhadap Munir. Dalam putusan kasasinya, MA hanya menghukum Pollycarpus dua tahun penjara karena terbukti menggunakan surat palsu.
• 12 - Pemerintah Indonesia berjanji akan segera meratifikasi Persetujuan ASEAN tentang Pencemaran Asap Lintas-Batas menyusul kabut asap tahunan dari Indonesia yang kembali menyelimuti negara tersebut dan tetangganya, Malaysia dan Singapura.
• 12 - Indonesia melunasi seluruh sisa utangnya sebesar US$3,2 miliar kepada IMF, empat tahun lebih awal dari jadwal.
• 12 - Wabah penyakit chikungunya di Kelurahan Cinere, Kecamatan Limo, Kota Depok telah menjangkiti sedikitnya 117 orang. Sebagian besar penderita adalah warga RT 02/RW 04, yang berjumlah 56 orang.
• 16 - Indonesia, Italia, Afrika Selatan, dan Belgia terpilih sebagai anggota tidak tetap Dewan Keamanan PBB untuk periode 2 tahun dan mulai bertugas sejak 1 Januari 2007.
• 16 - Pdt. Irianto Kongkoli, MTh, Sekretaris Umum Majelis Sinode Gereja Kristen Sulawesi Tengah (GKST) tewas ditembak orang tidak dikenal di Palu, masih terkait dengan kerusuhan agama yang berlangsung di Palu.
• 17 - Kejaksaan Agung Republik Indonesia mulai menayangkan foto dan menyebarkan data para buronan tindak pidana korupsi yang putusan perkaranya telah berkekuatan hukum tetap. Data dan foto 14 belas koruptor tersebut direncanakan ditayangkan di televisi dan media massa dengan frekuensi seminggu sekali.
• 19 - Biaya menghentikan banjir lumpur di Sidoarjo dan membersihkannya diperkirakan akan mencapai setidaknya AS$180 juta, sementara biaya akhirnya diduga akan jauh lebih besar lagi.
• 27 - Jembatan gantung yang berada di lokasi wisata Kebun Raya Bogor, Jawa Barat nyaris ambruk akibat baut di salah satu penyangganya lepas. Untuk mengamankan keseimbangan, petugas menopang jembatan dengan bambu.
• 30 - Tommy Soeharto dibebaskan bersyarat dari penjara setelah mendapatkan remisi enam minggu pada perayaan Idul Fitri.

November

• 6 - Bank Indonesia memperkirakan cadangan devisa dalam mata uang asing mencapai sekitar 47 miliar Dolar Amerika pada akhir tahun 2007 atau lebih tinggi dari perkiraan sebelumnya yang hanya diperkirakan 39,5 miliar Dolar Amerika.
• 7 - Kabut asap masih pekat meski Kota Palangkaraya, Kalimantan Tengah, sempat diguyur hujan. Jarak pandang pun hanya 50 meter.
• 11 - Bom meledak di sebuah restoran A&W di Jakarta Timur. Seorang laki-laki terluka dalam ledakan itu dan dirawat di sebuah rumah sakit terdekat. Motif peledakan ini belum diketahui.
• 12 - Muhamad Nuh, korban yang dirawat akibat ledakan bom di Jakarta Timur, diduga adalah pelaku pengeboman tersebut.
• 20 - Presiden Yudhoyono beserta anggota kabinet dan 9 tokoh sipil bertemu dengan Presiden AS George W. Bush yang berkunjung ke Bogor, Jawa Barat.
• 22 - Pipa gas Pertamina yang berada di bawah luberan lumpur Lapindo Brantas di Porong, Sidoarjo meledak, disusul jebolnya sejumlah titik tanggul penahan lumpur. Akibatnya lima orang tewas dan belasan luka bakar cukup parah. Kobaran api yang sangat besar menyala di titik ledakan dekat Km 38 Jalan Tol Porong-Gempol.
• 29 - Gempa berkekuatan 6,2 Skala Richter (SR) mengguncang wilayah Ternate, Maluku Utara dan Manado, Sulawesi Utara.

Desember

• 8 - DPR-RI menyetujui 16 RUU tentang pembentukan 16 kabupaten dan kota baru di sejumlah provinsi.
• 11 - Pilkada memilih gubernur dan 19 bupati/walikota secara serentak digelar di Nanggroe Aceh Darussalam, sebagai lanjutan dari perjanjian damai 2005. Mantan pemimpin separatis Irwandi Yusuf terpilih sebagai gubernur Aceh.
• 20 - Konser grup musik Ungu di Kedungwuni, Pekalongan, Jawa Tengah, merenggut korban: 10 orang tewas karena terinjak-injak dan bertabrakan dengan penonton keluar dan masuk. Selain terinjak-injak, mereka juga meninggal karena terperosok ke dalam parit di dekat pintu stadion.
• 30 Desember - KMP Senopati Nusantara yang mengangkut 800-an penumpang dan 25 anak buah kapal (ABK) dinyatakan hilang. Kapal ini hilang sekitar utara Pulau Mundanika, Kalimantan Selatan. Baru ditemukan 117 orang yang selamat. (Lihat pula: Musibah KM Senopati Nusantara)

2007

Januari

• 1 Januari - Malam tahun baru terjadi musibah Adam Air Penerbangan 574 yang hingga kini masih menyisakan misteri. Seluruh penumpang dan awak pesawat tidak pernah diketemukan jenasahnya dan dianggap meninggal.
• 16 Januari - rangkaian kereta api Bengawan jurusan Solo-Tanahabang terputus di Kecamatan Cilongok, Kabupaten Banyumas, Jawa Tengah. Lima orang penumpang dilaporkan tewas, ratusan lainnya luka-luka akibat insiden ini.

Februari

• sejak 1 Februari - Banjir di ibu kota Jakarta menewaskan lebih dari delapan puluh orang dan ratusan ribu lainnya terpaksa mengungsi. (Lihat pula: Banjir Jakarta 2007)
• 18 Februari - Terjadi bencana angin lesus yang menerjang kawasan Lempuyangan, Yogyakarta yang berlangsung selama sekitar 15 menit. Akibat angin ini, ratusan rumah, pohon, kabel listrik, dan papan reklame porak-poranda diterjang angin bahkan menyebabkan lebih dari 30 orang terluka. (Lihat pula: Lesus Lempuyangan Februari 2007)
• 22 Februari - Sedikitnya 25 orang tewas setelah KM Levina I jurusan Tanjung Priok–Pangkal Balam, Bangka yang mengangkut 291 penumpang terbakar di Selat Sunda.[3]. 4 orang di antaranya tewas saat melakukan investigasi pada bangkai kapal pada tanggal 25 Februari. Mereka tewas saat bangkai kapal tersebut tenggelam.

Maret

• 6 Maret - Terjadi gempa bumi di Padang, Sumatera Barat. (Lihat pula: Gempa bumi Sumatera Barat Maret 2007)
• 7 Maret - Kecelakan pesawat yang membawa korban jiwa kembali terjadi. Kali ini Garuda Indonesia Penerbangan 200 meledak ketika mendarat menyebabkan 22 penumpangnya meninggal

Berkas:Serayu 21042007.jpg

April

• 21 April - Kereta api Serayu jurusan Senen-Kroya anjlok di Garut, Jawa Barat. Sebanyak tiga gerbong jatuh ke jurang sedalam 30 meter yang ada di pinggiran rel kereta. 40 orang terluka serta 6 orang lainnya luka berat

Mei

• 7-13 Mei - Indonesia Terbuka 2007 diadakan di Istora Senayan, Jakarta. Indonesia gagal memenangkan medali emas.
• 30 Mei - Insiden Alastlogo di Pasuruan, Jawa Timur akibat sengketa tanah antara militer dan petani.

Juni

Polisi menangkap Zarkasih dan Abu Dujana, yang dituduh mengepalai gerakan militan JI

Juli

• 5 Juli - Miss Indonesia 2007
• 11 Juli - KM Sinar Madinah tenggelam di perairan Laut Selatan Kabupaten Dompu, Nusa Tenggara Barat. Kapal tenggelam setelah dihempas gelombang setinggi lima meter. Tujuh orang awak kapal sempat terlilit jaring, namun enam orang berhasil menyelamatkan diri. Seorang anak buah kapal hilang bersama jaring yang melilit dirinya.
• 11 Juli - KM Wahai Star yang mengangkut sekitar 100 penumpang dan ribuan ton hasil bumi dari Leksula tujuan Ambon tenggelam di perairan antara Pulau Buru dan Ambon. (Lihat pula: Musibah KM Wahai Star)

Agustus

Kelompok Islam Hizb ut-Tahrir menyelenggarakan konferensi internasional yang menyerukan didirikannya kekalifahan tunggal di dunia Islam.

• 3 Agustus - Puteri Indonesia 2007
• 8 Agustus - Pilkada DKI Jakarta 2007, pemenangnya adalah Fauzi Bowo dan Prijanto dengan perolehan 2.109.511 suara (57,87%)

September

• 12 September - Terjadi gempa bumi lepas pantai di dekat provinsi Bengkulu. (Lihat pula: Gempa bumi Bengkulu 2007)

Oktober

• 18 Oktober - KM Asita III tenggelam di perairan Selat Kadatua, sekitar 10 mil dari Kota Baubau, Pulau Buton, Sulawesi Tenggara, 125 orang selamat, sedikitnya 31 orang meninggal dunia, dan 35 lainnya hilang.

Desember

Zarkasih yang dituduh mengepalai gerakan militan JI mulai disidangkan di Jakarta

26 Desember - Indonesia menggalakkan Tahun Kunjungan Indonesia 2008

2008

Januari

• 27 Januari - Mantan presiden Soeharto meninggal dunia karena komplikasi kesehatan.

Februari

• 20 Februari - Sebuah gempa bumi dan disusul oleh dua gempa susulan melanda Kabupaten Simeulue, Aceh. Penduduk Aceh yang masih trauma dengan Tsunami 2004 ketakutan akan adanya tsunami.

April

• 13 April - Pilkada Jabar terdiri dari 3 pasangan, pemenangnya adalah Ahmad Heryawan dan Dede Yusuf

Mei

Presiden SBY mengumumkan rencananya untuk Indonesia mundur dari Organisasi Pengekspor Minyak Sedunia karena impor minyak Indonesia sudah lebih besar dari jumlah ekspornya serta produksi minyak yang gagal. Terjadi demonstrasi atas rencana pemerintah menaikkan harga minyak untuk mengurangi subsidi pemerintah.

• 13 Mei - Kontes Putri Indonesia diselenggarakan untuk kali keempat. (Lihat pula: Miss Indonesia 2008)

Juni

• 1 Juni - Insiden Monas - memicu aksi protes terhadap kekerasan secara nasional.

Juli

Laporan akhir oleh komisi gabungan Indonesia dan Timor Leste menyalahkan Indonesia atas pelanggaran HAM. Presiden SBY menyampaikan "penyesalannya yang mendalam".

• 5-17 Juli - Pekan Olahraga Nasional XVII diselenggarakan di Kalimantan Timur

Agustus

• 8-24 Agustus - Indonesia turut berlaga dalam Olimpiade Beijing 2008. Indonesia berhasil memperoleh 1 emas, 1 perak, dan 3 perunggu, yang membuat tradisi emas Indonesia sejak 1992 tetap terjaga. (Lihat pula: Indonesia pada Olimpiade 2008)

September

• 15 - Tragedi Pasuruan - pembagian zakat yang menimbulkan 21 korban jiwa.

November

• 9 November - Trio terpidana mati Bom Bali 2002, Amrozi, Ali Gufron, dan Imam Samudera dieksekusi pada pukul 00.15 WIB di Nusakambangan, Cilacap, Jawa Tengah.

2009

April

• 9 April - Pemilihan umum anggota DPR, DPD, DPRD dilakukan secara serentak di seluruh Indonesia. Pemenangnya adalah Partai Demokrat, Golkar dan PDIP.

Mei

• 4 Mei - Antasari Azhar, Ketua KPK dianggap sebagai tersangka dalam kasus pembunuhan Direksi PT. Putra Rajawali Banjaran, Nasruddin Zulkarnaen.

Juni

• 12 Juni - Sebuah helikopter Puma milik TNI-AU jatuh di Bogor hingga menyebabkan 4 awaknya tewas.

Sumber

• Dijk, Kees van. 2001. A country in despair. Indonesia between 1997 and 2000. KITLV Press, Leiden, ISBN 90-6718-160-9
• BBC: Timeline: Indonesia

Pranala luar

• (Indonesia) Gelombang Balik Reformasi